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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xos | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of human presequence protease in partial open state 1 | ||||||
要素 | Presequence protease, mitochondrial | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Partial open state | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / enzyme activator activity / metalloendopeptidase activity / protein processing / metallopeptidase activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Liang, W.G. / Zhao, M. / Tang, W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis for the mechanisms of human presequence protease conformational switch and substrate recognition. 著者: Wenguang G Liang / Juwina Wijaya / Hui Wei / Alex J Noble / Jordan M Mancl / Swansea Mo / David Lee / John V Lin King / Man Pan / Chang Liu / Carla M Koehler / Minglei Zhao / Clinton S Potter ...著者: Wenguang G Liang / Juwina Wijaya / Hui Wei / Alex J Noble / Jordan M Mancl / Swansea Mo / David Lee / John V Lin King / Man Pan / Chang Liu / Carla M Koehler / Minglei Zhao / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Sheng Li / Wei-Jen Tang / 要旨: Presequence protease (PreP), a 117 kDa mitochondrial M16C metalloprotease vital for mitochondrial proteostasis, degrades presequence peptides cleaved off from nuclear-encoded proteins and other ...Presequence protease (PreP), a 117 kDa mitochondrial M16C metalloprotease vital for mitochondrial proteostasis, degrades presequence peptides cleaved off from nuclear-encoded proteins and other aggregation-prone peptides, such as amyloid β (Aβ). PreP structures have only been determined in a closed conformation; thus, the mechanisms of substrate binding and selectivity remain elusive. Here, we leverage advanced vitrification techniques to overcome the preferential denaturation of one of two ~55 kDa homologous domains of PreP caused by air-water interface adsorption. Thereby, we elucidate cryoEM structures of three apo-PreP open states along with Aβ- and citrate synthase presequence-bound PreP at 3.3-4.6 Å resolution. Together with integrative biophysical and pharmacological approaches, these structures reveal the key stages of the PreP catalytic cycle and how the binding of substrates or PreP inhibitor drives a rigid body motion of the protein for substrate binding and catalysis. Together, our studies provide key mechanistic insights into M16C metalloproteases for future therapeutic innovations. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xos.cif.gz | 184.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xos.ent.gz | 140.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xos.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xos_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xos_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6xos_validation.xml.gz | 39 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xos_validation.cif.gz | 59.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/6xos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/6xos | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 22278MC 6xotC 6xouC 6xovC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10937 (タイトル: CryoEM of PreP prepared via Chameleon / Data size: 2.2 TB / Data #1: Apo-PreP micrographs [micrographs - multiframe] / Data #2: PreP half particles [micrographs - single frame] Data #3: Citrate synthase presequence bound PreP [micrographs - multiframe] Data #4: Amyloid beta bound PreP [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 114901.461 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-1037 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PITRM1, KIAA1104, MP1, PREP 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q5JRX3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CryoEM map of Human Presequence Protease in partial open state 1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.7 詳細: 20 mM Tris, pH 7.7, 150 mM NaCl, 10mM KCl, 20 mM EDTA and 1 mM 2-mercaptoethanol |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: SPOTITON / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 308 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 62 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17_3644: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130572 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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