+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xmu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of P5A-ATPase Spf1, endogenous substrate-bound | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / P-type ATPase / transmembrane helix dislocase / protein quality control / endoplasmic reticulum | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extraction of mislocalized protein from ER membrane / membrane protein dislocase activity / Ion transport by P-type ATPases / intracellular manganese ion homeostasis / sterol homeostasis / P-type ion transporter activity / Translocases; Catalysing the translocation of amino acids and peptides; Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / cis-Golgi network / protein hexamerization ...extraction of mislocalized protein from ER membrane / membrane protein dislocase activity / Ion transport by P-type ATPases / intracellular manganese ion homeostasis / sterol homeostasis / P-type ion transporter activity / Translocases; Catalysing the translocation of amino acids and peptides; Linked to the hydrolysis of a nucleoside triphosphate / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / cis-Golgi network / protein hexamerization / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / protein unfolding / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / protein transport / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Park, E. / Sim, S.I. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: The endoplasmic reticulum P5A-ATPase is a transmembrane helix dislocase. 著者: Michael J McKenna / Sue Im Sim / Alban Ordureau / Lianjie Wei / J Wade Harper / Sichen Shao / Eunyong Park / 要旨: Organelle identity depends on protein composition. How mistargeted proteins are selectively recognized and removed from organelles is incompletely understood. Here, we found that the orphan P5A- ...Organelle identity depends on protein composition. How mistargeted proteins are selectively recognized and removed from organelles is incompletely understood. Here, we found that the orphan P5A-adenosine triphosphatase (ATPase) transporter ATP13A1 (Spf1 in yeast) directly interacted with the transmembrane segment (TM) of mitochondrial tail-anchored proteins. P5A-ATPase activity mediated the extraction of mistargeted proteins from the endoplasmic reticulum (ER). Cryo-electron microscopy structures of Spf1 revealed a large, membrane-accessible substrate-binding pocket that alternately faced the ER lumen and cytosol and an endogenous substrate resembling an α-helical TM. Our results indicate that the P5A-ATPase could dislocate misinserted hydrophobic helices flanked by short basic segments from the ER. TM dislocation by the P5A-ATPase establishes an additional class of P-type ATPase substrates and may correct mistakes in protein targeting or topogenesis. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xmu.cif.gz | 202.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6xmu.ent.gz | 156.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xmu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xmu_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6xmu_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6xmu_validation.xml.gz | 43.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xmu_validation.cif.gz | 64.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/6xmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/6xmu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 137573.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 参照: UniProt: P39986, トランスロカーゼ; 無機カチオンとそのキレートの輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う |
---|---|
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1720.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
#3: 化合物 | ChemComp-BEF / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: P5A-ATPase Spf1, endogenous substrate bound / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 49.1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 776554 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 268876 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|