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万見
- PDB-6x66: Legionella pneumophila dDot T4SS OMC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x66
タイトルLegionella pneumophila dDot T4SS OMC
要素
  • (Type IV secretion ...) x 2
  • DotC
  • DotD
  • Inner membrane lipoprotein YiaD
  • Outer membrane protein, OmpA family protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Secretion / T4SS / Dot
機能・相同性
機能・相同性情報


Putative type IV secretory system protein / Type IV secretory system, conjugal DNA-protein transfer / DotD protein / DotD superfamily / DotD protein / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain ...Putative type IV secretory system protein / Type IV secretory system, conjugal DNA-protein transfer / DotD protein / DotD superfamily / DotD protein / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV secretion protein IcmK / DotD / DotC / LphA (DotK) / Outer membrane protein, OmpA family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Durie, C.L. / Sheedlo, M.J. / Chung, J.M. / Byrne, B.G. / Su, M. / Knight, T. / Swanson, M.S. / Lacy, D.B. / Ohi, M.D.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150027-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)2T32DK007673 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020011 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM129539 米国
Other privateSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI095755-10 米国
Other government1I01BX004447 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the Dot/Icm type IV secretion system core complex.
著者: Clarissa L Durie / Michael J Sheedlo / Jeong Min Chung / Brenda G Byrne / Min Su / Thomas Knight / Michele Swanson / D Borden Lacy / Melanie D Ohi /
要旨: is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia Legionnaires' Disease. This infection and subsequent pathology require the Dot/Icm Type IV Secretion System (T4SS) to deliver ... is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia Legionnaires' Disease. This infection and subsequent pathology require the Dot/Icm Type IV Secretion System (T4SS) to deliver effector proteins into host cells. Compared to prototypical T4SSs, the Dot/Icm assembly is much larger, containing ~27 different components including a core complex reported to be composed of five proteins: DotC, DotD, DotF, DotG, and DotH. Using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), we report reconstructions of the core complex of the Dot/Icm T4SS that includes a symmetry mismatch between distinct structural features of the outer membrane cap (OMC) and periplasmic ring (PR). We present models of known core complex proteins, DotC, DotD, and DotH, and two structurally similar proteins within the core complex, DotK and Lpg0657. This analysis reveals the stoichiometry and contact interfaces between the key proteins of the Dot/Icm T4SS core complex and provides a framework for understanding a complex molecular machine.
履歴
登録2020年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年3月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22071
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22071
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AC: DotC
AD: DotD
AH: Type IV secretion protein IcmK
AK: Inner membrane lipoprotein YiaD
AX: Type IV secretion system unknown protein fragment
AY: Type IV secretion system unknown protein fragment
AZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Ad: DotD
BC: DotC
BD: DotD
BH: Type IV secretion protein IcmK
BK: Inner membrane lipoprotein YiaD
BX: Type IV secretion system unknown protein fragment
BY: Type IV secretion system unknown protein fragment
BZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Bd: DotD
CC: DotC
CD: DotD
CH: Type IV secretion protein IcmK
CK: Inner membrane lipoprotein YiaD
CX: Type IV secretion system unknown protein fragment
CY: Type IV secretion system unknown protein fragment
CZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Cd: DotD
DC: DotC
DD: DotD
DH: Type IV secretion protein IcmK
DK: Inner membrane lipoprotein YiaD
DX: Type IV secretion system unknown protein fragment
DY: Type IV secretion system unknown protein fragment
DZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Dd: DotD
EC: DotC
ED: DotD
EH: Type IV secretion protein IcmK
EK: Inner membrane lipoprotein YiaD
EX: Type IV secretion system unknown protein fragment
EY: Type IV secretion system unknown protein fragment
EZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Ed: DotD
FC: DotC
FD: DotD
FH: Type IV secretion protein IcmK
FK: Inner membrane lipoprotein YiaD
FX: Type IV secretion system unknown protein fragment
FY: Type IV secretion system unknown protein fragment
FZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Fd: DotD
GC: DotC
GD: DotD
GH: Type IV secretion protein IcmK
GK: Inner membrane lipoprotein YiaD
GX: Type IV secretion system unknown protein fragment
GY: Type IV secretion system unknown protein fragment
GZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Gd: DotD
HC: DotC
HD: DotD
HH: Type IV secretion protein IcmK
HK: Inner membrane lipoprotein YiaD
HX: Type IV secretion system unknown protein fragment
HY: Type IV secretion system unknown protein fragment
HZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Hd: DotD
IC: DotC
ID: DotD
IH: Type IV secretion protein IcmK
IK: Inner membrane lipoprotein YiaD
IX: Type IV secretion system unknown protein fragment
IY: Type IV secretion system unknown protein fragment
IZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Id: DotD
JC: DotC
JD: DotD
JH: Type IV secretion protein IcmK
JK: Inner membrane lipoprotein YiaD
JX: Type IV secretion system unknown protein fragment
JY: Type IV secretion system unknown protein fragment
JZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Jd: DotD
KC: DotC
KD: DotD
KH: Type IV secretion protein IcmK
KK: Inner membrane lipoprotein YiaD
KX: Type IV secretion system unknown protein fragment
KY: Type IV secretion system unknown protein fragment
KZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Kd: DotD
LC: DotC
LD: DotD
LH: Type IV secretion protein IcmK
LK: Inner membrane lipoprotein YiaD
LX: Type IV secretion system unknown protein fragment
LY: Type IV secretion system unknown protein fragment
LZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Ld: DotD
MC: DotC
MD: DotD
MH: Type IV secretion protein IcmK
MK: Inner membrane lipoprotein YiaD
MX: Type IV secretion system unknown protein fragment
MY: Type IV secretion system unknown protein fragment
MZ: Type IV secretion system unknown protein fragment
Md: DotD
AA: Outer membrane protein, OmpA family protein
BA: Outer membrane protein, OmpA family protein
CA: Outer membrane protein, OmpA family protein
DA: Outer membrane protein, OmpA family protein
EA: Outer membrane protein, OmpA family protein
FA: Outer membrane protein, OmpA family protein
GA: Outer membrane protein, OmpA family protein
HA: Outer membrane protein, OmpA family protein
IA: Outer membrane protein, OmpA family protein
JA: Outer membrane protein, OmpA family protein
KA: Outer membrane protein, OmpA family protein
LA: Outer membrane protein, OmpA family protein
QA: Outer membrane protein, OmpA family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,143,774117
ポリマ－3,143,774117
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area318090 Å2
ΔGint-1659 kcal/mol
Surface area647330 Å2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "HA"
d_2ens_1chain "BA"
d_3ens_1chain "CA"
d_4ens_1chain "DA"
d_5ens_1chain "EA"
d_6ens_1chain "FA"
d_7ens_1chain "GA"
d_8ens_1chain "IA"
d_9ens_1chain "AA"
d_10ens_1chain "JA"
d_11ens_1chain "KA"
d_12ens_1chain "LA"
d_13ens_1chain "QA"
d_1ens_2chain "JC"
d_2ens_2chain "BC"
d_3ens_2chain "CC"
d_4ens_2chain "DC"
d_5ens_2chain "EC"
d_6ens_2chain "FC"
d_7ens_2chain "GC"
d_8ens_2chain "HC"
d_9ens_2chain "IC"
d_10ens_2chain "AC"
d_11ens_2chain "KC"
d_12ens_2chain "LC"
d_13ens_2chain "MC"
d_1ens_3chain "GH"
d_2ens_3chain "BH"
d_3ens_3chain "CH"
d_4ens_3chain "DH"
d_5ens_3chain "EH"
d_6ens_3chain "FH"
d_7ens_3chain "AH"
d_8ens_3chain "HH"
d_9ens_3chain "IH"
d_10ens_3chain "JH"
d_11ens_3chain "KH"
d_12ens_3chain "LH"
d_13ens_3chain "MH"
d_1ens_4chain "JK"
d_2ens_4chain "BK"
d_3ens_4chain "CK"
d_4ens_4chain "DK"
d_5ens_4chain "EK"
d_6ens_4chain "FK"
d_7ens_4chain "GK"
d_8ens_4chain "HK"
d_9ens_4chain "IK"
d_10ens_4chain "MK"
d_11ens_4chain "KK"
d_12ens_4chain "LK"
d_13ens_4chain "AK"
d_1ens_5chain "HX"
d_2ens_5chain "BX"
d_3ens_5chain "CX"
d_4ens_5chain "DX"
d_5ens_5chain "EX"
d_6ens_5chain "FX"
d_7ens_5chain "AX"
d_8ens_5chain "GX"
d_9ens_5chain "IX"
d_10ens_5chain "JX"
d_11ens_5chain "KX"
d_12ens_5chain "LX"
d_13ens_5chain "MX"
d_1ens_6chain "HY"
d_2ens_6chain "BY"
d_3ens_6chain "CY"
d_4ens_6chain "DY"
d_5ens_6chain "EY"
d_6ens_6chain "FY"
d_7ens_6chain "AY"
d_8ens_6chain "JY"
d_9ens_6chain "IY"
d_10ens_6chain "GY"
d_11ens_6chain "KY"
d_12ens_6chain "LY"
d_13ens_6chain "MY"
d_1ens_7chain "KZ"
d_2ens_7chain "BZ"
d_3ens_7chain "CZ"
d_4ens_7chain "DZ"
d_5ens_7chain "EZ"
d_6ens_7chain "FZ"
d_7ens_7chain "GZ"
d_8ens_7chain "HZ"
d_9ens_7chain "IZ"
d_10ens_7chain "JZ"
d_11ens_7chain "AZ"
d_12ens_7chain "LZ"
d_13ens_7chain "MZ"

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4
ens_5
ens_6
ens_7

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要素

-
タンパク質 , 4種, 65分子 ACBCCCDCECFCGCHCICJCKCLCMCADAdBDBdCDCdDDDdEDEdFDFdGDGdHDHdID...

#1: タンパク質
DotC / Type IV secretion system protein DotC


分子量: 34162.441 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: O52184
#2: タンパク質 ...
DotD


分子量: 17860.678 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: O52183
#4: タンパク質
Inner membrane lipoprotein YiaD / LphA (DotK) / LphA protein / OmpA family protein


分子量: 21096.492 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: O53086
#6: タンパク質
Outer membrane protein, OmpA family protein


分子量: 27582.047 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZXS4

-
Type IV secretion ... , 2種, 52分子 AHBHCHDHEHFHGHHHIHJHKHLHMHAXAYAZBXBYBZCXCYCZDXDYDZEXEYEZFXFY...

#3: タンパク質
Type IV secretion protein IcmK


分子量: 38958.926 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6FBG9
#5: タンパク質 ...
Type IV secretion system unknown protein fragment


分子量: 28102.492 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア)

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: dDotG Dot/Icm T4SS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 65 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6342 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 341.9 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0164110734
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.6995151086
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.080218187
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.010119721
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.340216471

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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