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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wxg | ||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of VP5*/VP8* assembly from rhesus rotavirus particles - Reversed conformation | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Complex / non-enveloped virus / viral particle / entry / membrane-penetration / rotavirus / VP4 / VP5* / VP8* | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=13 icosahedral viral capsid / host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / receptor-mediated virion attachment to host cell ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=13 icosahedral viral capsid / host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
![]() | Herrmann, T. / Harrison, S.C. / Jenni, S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Functional refolding of the penetration protein on a non-enveloped virus. 著者: Tobias Herrmann / Raúl Torres / Eric N Salgado / Cristina Berciu / Daniel Stoddard / Daniela Nicastro / Simon Jenni / Stephen C Harrison / ![]() 要旨: A non-enveloped virus requires a membrane lesion to deliver its genome into a target cell. For rotaviruses, membrane perforation is a principal function of the viral outer-layer protein, VP4. Here we ...A non-enveloped virus requires a membrane lesion to deliver its genome into a target cell. For rotaviruses, membrane perforation is a principal function of the viral outer-layer protein, VP4. Here we describe the use of electron cryomicroscopy to determine how VP4 performs this function and show that when activated by cleavage to VP8* and VP5*, VP4 can rearrange on the virion surface from an 'upright' to a 'reversed' conformation. The reversed structure projects a previously buried 'foot' domain outwards into the membrane of the host cell to which the virion has attached. Electron cryotomograms of virus particles entering cells are consistent with this picture. Using a disulfide mutant of VP4, we have also stabilized a probable intermediate in the transition between the two conformations. Our results define molecular mechanisms for the first steps of the penetration of rotaviruses into the membranes of target cells and suggest similarities with mechanisms postulated for other viruses. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86655.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3] / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: G0YZG6 #2: タンパク質 | 分子量: 44934.766 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3] / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B2BN53 #3: タンパク質 | 分子量: 37136.531 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: RVA/Monkey/United States/RRV/1975/G3P5B[3] / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P12476 #4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Rotavirus VP4, VP6, VP7 assembly in the foldback conformation タイプ: COMPLEX 詳細: Obtained from wild-type recoated rhesus rotavirus particles (wt rcTLP) Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.7 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K / 詳細: 4 ul sample volume, 4 sec blotting time |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 27500 X / 倍率(補正後): 40605 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2 mm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 33 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4107 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3701 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 14579 / 詳細: whole viral particles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 252548 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: Reconstruction final map after classification of VP4 sub-particles . VP4 sub-particles extracted from viral particles (60 VP4 sub-particles per viral particle) クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 詳細: phenix.real_space_refine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.97 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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