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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wpk | ||||||||||||
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タイトル | SARM1 Autoinhibited Conformation | ||||||||||||
要素 | NAD(+) hydrolase SARM1 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / NADase / ARM / SAM / TIR | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NAD catabolic process / NADP+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / nervous system process ...negative regulation of MyD88-independent toll-like receptor signaling pathway / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / NAD catabolic process / NADP+ nucleosidase activity / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / protein localization to mitochondrion / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / nervous system process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / regulation of dendrite morphogenesis / response to axon injury / response to glucose / regulation of neuron apoptotic process / signaling adaptor activity / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / nervous system development / mitochondrial outer membrane / microtubule / cell differentiation / axon / innate immune response / dendrite / synapse / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Xie, T. / Bratkowski, M. / Bai, X. / Sambashivan, S. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020 タイトル: Structural and Mechanistic Regulation of the Pro-degenerative NAD Hydrolase SARM1. 著者: Matthew Bratkowski / Tian Xie / Desiree A Thayer / Shradha Lad / Prakhyat Mathur / Yu-San Yang / Gregory Danko / Thomas C Burdett / Jean Danao / Aaron Cantor / Jennifer A Kozak / Sean P Brown ...著者: Matthew Bratkowski / Tian Xie / Desiree A Thayer / Shradha Lad / Prakhyat Mathur / Yu-San Yang / Gregory Danko / Thomas C Burdett / Jean Danao / Aaron Cantor / Jennifer A Kozak / Sean P Brown / Xiaochen Bai / Shilpa Sambashivan / 要旨: The NADase SARM1 is a central switch in injury-activated axon degeneration, an early hallmark of many neurological diseases. Here, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of ...The NADase SARM1 is a central switch in injury-activated axon degeneration, an early hallmark of many neurological diseases. Here, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of autoinhibited (3.3 Å) and active SARM1 (6.8 Å) and provide mechanistic insight into the tight regulation of SARM1's function by the local metabolic environment. Although both states retain an octameric core, the defining feature of the autoinhibited state is a lock between the autoinhibitory Armadillo/HEAT motif (ARM) and catalytic Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domains, which traps SARM1 in an inactive state. Mutations that break this lock activate SARM1, resulting in catastrophic neuronal death. Notably, the mutants cannot be further activated by the endogenous activator nicotinamide mononucleotide (NMN), and active SARM1 is product inhibited by Nicotinamide (NAM), highlighting SARM1's functional dependence on key metabolites in the NAD salvage pathway. Our studies provide a molecular understanding of SARM1's transition from an autoinhibited to an injury-activated state and lay the foundation for future SARM1-based therapies to treat axonopathies. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wpk.cif.gz | 723.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wpk.ent.gz | 596.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wpk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wpk_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wpk_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6wpk_validation.xml.gz | 113.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wpk_validation.cif.gz | 174.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wpk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75679.594 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SARM1, KIAA0524, SAMD2, SARM / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q6SZW1, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARM1 in an autoinhibited conformation / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 46729 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 527084 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C8 (8回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120532 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 73.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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