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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w2s | ||||||
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タイトル | Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the open state (Class 1) | ||||||
要素 |
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キーワード | Ribosome/TRANSLATION / CrPV 5'-UTR IRES / Internal ribosome entry site / RIBOSOME / Ribosome-TRANSLATION complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / ribosomal subunit / eukaryotic 43S preinitiation complex ...viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / IRES-dependent viral translational initiation / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / ribosomal subunit / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / metal-dependent deubiquitinase activity / regulation of translational initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / laminin receptor activity / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / 90S preribosome / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / translation initiation factor binding / cytosolic ribosome / translation initiation factor activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of translation / small-subunit processome / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / PML body / fibrillar center / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / modification-dependent protein catabolic process / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / protein tag activity / metallopeptidase activity / ribosomal small subunit biogenesis / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / glucose homeostasis / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / virus receptor activity / small ribosomal subunit / T cell differentiation in thymus / cell body / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / cytoplasmic translation / cysteine-type deubiquitinase activity / mitochondrial inner membrane / cell differentiation / postsynaptic density / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / positive regulation of apoptotic process / ribonucleoprotein complex / positive regulation of protein phosphorylation / translation / cell division / DNA repair / mRNA binding / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / synapse / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cricket paralysis virus (ウイルス) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | ||||||
データ登録者 | Neupane, R. / Pisareva, V. / Rodriguez, C.F. / Pisarev, A. / Fernandez, I.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: A complex IRES at the 5'-UTR of a viral mRNA assembles a functional 48S complex via an uAUG intermediate. 著者: Ritam Neupane / Vera P Pisareva / Carlos F Rodriguez / Andrey V Pisarev / Israel S Fernández / 要旨: Taking control of the cellular apparatus for protein production is a requirement for virus progression. To ensure this control, diverse strategies of cellular mimicry and/or ribosome hijacking have ...Taking control of the cellular apparatus for protein production is a requirement for virus progression. To ensure this control, diverse strategies of cellular mimicry and/or ribosome hijacking have evolved. The initiation stage of translation is especially targeted as it involves multiple steps and the engagement of numerous initiation factors. The use of structured RNA sequences, called nternal ibosomal ntry ites (IRES), in viral RNAs is a widespread strategy for the exploitation of eukaryotic initiation. Using a combination of electron cryo-microscopy (cryo-EM) and reconstituted translation initiation assays with native components, we characterized how a novel IRES at the 5'-UTR of a viral RNA assembles a functional initiation complex via an uAUG intermediate. The IRES features a novel extended, multi-domain architecture, that circles the 40S head. The structures and accompanying functional data illustrate the importance of 5'-UTR regions in translation regulation and underline the relevance of the untapped diversity of viral IRESs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w2s.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w2s.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6w2s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w2s_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w2s_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6w2s_validation.xml.gz | 238.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w2s_validation.cif.gz | 383.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w2s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 A0
#1: RNA鎖 | 分子量: 547733.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 121094.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cricket paralysis virus (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 8895506 |
+タンパク質 , 33種, 33分子 BCDFHIJKMOPWXYZbcfEGLNQRSTUVad...
-Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ... , 8種, 8分子 12345678
#36: タンパク質 | 分子量: 164902.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SMZ5 |
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#37: タンパク質 | 分子量: 105706.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1U971 |
#38: タンパク質 | 分子量: 54199.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SUC8 |
#39: タンパク質 | 分子量: 37846.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SLC2 |
#40: タンパク質 | 分子量: 41083.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1ST95 |
#41: タンパク質 | 分子量: 25129.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1T3L2 |
#42: タンパク質 | 分子量: 71001.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SED9 |
#43: タンパク質 | 分子量: 42555.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SLW8 |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#44: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#45: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the open state (Class 1) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#43 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Grids were blotted for 2.5s and flash cooled in liquid ethane |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 56.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0253 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The microscope was equipped with an energy filter with slits aperture of 20eV, installed before the detector. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 915647 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36100 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.47→3.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.843 / SU B: 20.39 / SU ML: 0.323 / ESU R: 0.367 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 120.284 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 106817 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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