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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w0k | ||||||
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タイトル | HBV D78S mutant capsid | ||||||
要素 | Capsid protein | ||||||
キーワード | VIRUS / HBV / Core protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, Z. / Wang, J. / Zlotnick, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2020 タイトル: The Integrity of the Intradimer Interface of the Hepatitis B Virus Capsid Protein Dimer Regulates Capsid Self-Assembly. 著者: Zhongchao Zhao / Joseph Che-Yen Wang / Carolina Pérez Segura / Jodi A Hadden-Perilla / Adam Zlotnick / 要旨: During the hepatitis B virus lifecycle, 120 copies of homodimeric capsid protein assemble around a copy of reverse transcriptase and viral RNA and go on to produce an infectious virion. Assembly ...During the hepatitis B virus lifecycle, 120 copies of homodimeric capsid protein assemble around a copy of reverse transcriptase and viral RNA and go on to produce an infectious virion. Assembly needs to be tightly regulated by protein conformational change to ensure symmetry, fidelity, and reproducibility. Here, we show that structures at the intradimer interface regulate conformational changes at the distal interdimer interface and so regulate assembly. A pair of interacting charged residues, D78 from each monomer, conspicuously located at the top of a four-helix bundle that forms the intradimer interface, were mutated to serine to disrupt communication between the two monomers. The mutation slowed assembly and destabilized the dimer to thermal and chemical denaturation. Mutant dimers showed evidence of transient partial unfolding based on the appearance of new proteolytically sensitive sites. Though the mutant dimer was less stable, the resulting capsids were as stable as the wildtype, based on assembly and thermal denaturation studies. Cryo-EM image reconstructions of capsid indicated that the subunits adopted an "open" state more usually associated with a free dimer and that the spike tips were either disordered or highly flexible. Molecular dynamics simulations provide mechanistic explanations for these results, suggesting that D78 stabilizes helix 4a, which forms part of the intradimer interface, by capping its N-terminus and hydrogen-bonding to nearby residues, whereas the D78S mutation disrupts these interactions, leading to partial unwinding of helix 4a. This in turn weakens the connection from helix 4 and the intradimer interface to helix 5, which forms the interdimer interface. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w0k.cif.gz | 100.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w0k.ent.gz | 83 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w0k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w0k_validation.pdf.gz | 819.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w0k_full_validation.pdf.gz | 822.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6w0k_validation.xml.gz | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w0k_validation.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/6w0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/6w0k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16756.148 Da / 分子数: 4 / 変異: D78S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis B virus genotype D subtype adw (isolate United Kingdom/adyw/1979) (ウイルス) 株: isolate United Kingdom/adyw/1979 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03147 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HBV D78S mutant capsid / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Hepatitis B virus genotype D subtype adw (isolate United Kingdom/adyw/1979) (ウイルス) 株: isolate United Kingdom/adyw/1979 |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73871 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |