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- PDB-6vbu: Structure of the bovine BBSome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vbu
タイトルStructure of the bovine BBSome complex
要素
  • (Bardet-Biedl syndrome ...) x 7
  • BBS1 domain-containing protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Cilia / ciliopathy / complex / membrane-protein transport
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of anatomical structure orientation / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / receptor localization to non-motile cilium / multi-ciliated epithelial cell differentiation / BBSome / renal tubule development / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / smoothened binding / establishment of planar polarity / photoreceptor connecting cilium ...establishment of anatomical structure orientation / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / receptor localization to non-motile cilium / multi-ciliated epithelial cell differentiation / BBSome / renal tubule development / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / smoothened binding / establishment of planar polarity / photoreceptor connecting cilium / inner ear receptor cell stereocilium organization / patched binding / olfactory bulb development / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / protein localization to cilium / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / regulation of stress fiber assembly / non-motile cilium assembly / non-motile cilium / centrosome cycle / eating behavior / motile cilium / ciliary membrane / erythrocyte homeostasis / fat cell differentiation / pericentriolar material / B cell homeostasis / cilium assembly / axoneme / axon guidance / protein localization to plasma membrane / centriolar satellite / multicellular organism growth / Wnt signaling pathway / fibrillar center / sensory perception of smell / intracellular protein localization / protein transport / regulation of protein localization / protein-macromolecule adaptor activity / gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / neuron projection / cilium / ciliary basal body / centrosome / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bardet-Biedl syndrome 7 protein / Bardet-Biedl syndrome 2 protein / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal domain / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / : / : / : / : / : ...Bardet-Biedl syndrome 7 protein / Bardet-Biedl syndrome 2 protein / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal domain / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / : / : / : / : / : / : / : / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / BBS2 GAE domain / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / BBS7 hairpin / BBS2 platform domain / BBS2 C-terminal helix bundle / BBS2 hairpin / BBS7 GAE domain / BBS7 platform domain / BBS7 beta-propeller / Bardet-Biedl syndrome 5 protein / DM16 repeat / Cilia BBSome complex subunit 10 / Tetratricopeptide repeat protein 8 / Bardet-Biedl syndrome 5 protein/sex-determination protein fem-3 / : / Bardet-Biedl syndrome 5 protein / Cilia BBSome complex subunit 10 / Bardet-Biedl syndrome 1 protein, GAE domain / Repeats in sea squirt COS41.4, worm R01H10.6, fly CG1126 etc. / Parathyroid hormone-responsive B1 / PTHB1, N-terminal domain / PTHB1, C-terminal domain / : / : / : / PTHB1 N-terminal / PTHB1 GAE domain / PTHB1 platform domain / PTHB1 hairpin / PTHB1 C-terminal helix bundle / Bardet-Biedl syndrome 1 protein / Bardet-Biedl syndrome 1, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 1 / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / PH-like domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog / Bardet-Biedl syndrome 9 / Bardet-Biedl syndrome 1 / Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog / Tetratricopeptide repeat domain 8 / BBSome interacting protein 1 / BBSome complex member BBS4 / Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Singh, S.K. / Gui, M. / Koh, F. / Yip, M.C.J. / Brown, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structure and activation mechanism of the BBSome membrane protein trafficking complex.
著者: Sandeep K Singh / Miao Gui / Fujiet Koh / Matthew Cj Yip / Alan Brown /
要旨: Bardet-Biedl syndrome (BBS) is a currently incurable ciliopathy caused by the failure to correctly establish or maintain cilia-dependent signaling pathways. Eight proteins associated with BBS ...Bardet-Biedl syndrome (BBS) is a currently incurable ciliopathy caused by the failure to correctly establish or maintain cilia-dependent signaling pathways. Eight proteins associated with BBS assemble into the BBSome, a key regulator of the ciliary membrane proteome. We report the electron cryomicroscopy (cryo-EM) structures of the native bovine BBSome in inactive and active states at 3.1 and 3.5 Å resolution, respectively. In the active state, the BBSome is bound to an Arf-family GTPase (ARL6/BBS3) that recruits the BBSome to ciliary membranes. ARL6 recognizes a composite binding site formed by BBS1 and BBS7 that is occluded in the inactive state. Activation requires an unexpected swiveling of the β-propeller domain of BBS1, the subunit most frequently implicated in substrate recognition, which widens a central cavity of the BBSome. Structural mapping of disease-causing mutations suggests that pathogenesis results from folding defects and the disruption of autoinhibition and activation.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21144
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Bardet-Biedl syndrome 18 protein
1: BBS1 domain-containing protein
2: Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog
4: Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog
5: Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog
7: Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog
8: Bardet-Biedl syndrome 8 protein
9: Bardet-Biedl syndrome 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)486,56010
ポリマ－486,4808
非ポリマー802
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area49660 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area151120 Å2

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要素

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Bardet-Biedl syndrome ... , 7種, 7分子 0245789

#1: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 18 protein


分子量: 8070.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina / 参照: UniProt: G3N2W1
#3: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog


分子量: 79911.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina / 参照: UniProt: Q32L13
#4: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog


分子量: 58289.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina / 参照: UniProt: Q1JQ97
#5: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog


分子量: 38880.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina / 参照: UniProt: A6QLF9
#6: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog


分子量: 80471.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina / 参照: UniProt: F1MB52
#7: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 8 protein / Tetratricopeptide repeat domain 8


分子量: 56686.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina / 参照: UniProt: F1N4X0
#8: タンパク質 Bardet-Biedl syndrome 9


分子量: 99230.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina / 参照: UniProt: E1BHJ5

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 1

#2: タンパク質 BBS1 domain-containing protein


分子量: 64939.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina / 参照: UniProt: E1BN34
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bovine BBSome complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: Native BBSome complex isolated from bovine retina / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: The buffer also contained 36 uM ARL6 and 1 mM GTP.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepes1
2220 mMNaCl1
35 mMMgCl21
44 mMbeta-mercaptoethanol1
51
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: The grids were glow discharged at 15 mA for 30 s with a PELCO easiGlow Glow Discharge Cleaning System.
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Grids were blotted for 2 s with a -2 offset.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9408
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 25 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1SPHIRE粒子像選択crYOLO was used to pick particles
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
19PHENIX1.17.1-3660モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152942 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 43.6 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: During refinement, the resolution limit was set to 3.1 Angstrom. Secondary structure, Ramachandran and rotamer restraints were applied during refinement.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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