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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v4o | ||||||
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タイトル | Structure of human 2E01 Fab in complex with influenza virus neuraminidase from B/Phuket/3073/2013 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / neuraminidase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Dai, Y.N. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2020 タイトル: Human Antibodies Targeting Influenza B Virus Neuraminidase Active Site Are Broadly Protective. 著者: Anders Madsen / Ya-Nan Dai / Meagan McMahon / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Jessica Tan / Tingting Lei / Wafaa B Alsoussi / Shirin Strohmeier / Mostafa Amor / Bassem M Mohammed / ...著者: Anders Madsen / Ya-Nan Dai / Meagan McMahon / Aaron J Schmitz / Jackson S Turner / Jessica Tan / Tingting Lei / Wafaa B Alsoussi / Shirin Strohmeier / Mostafa Amor / Bassem M Mohammed / Philip A Mudd / Viviana Simon / Rebecca J Cox / Daved H Fremont / Florian Krammer / Ali H Ellebedy / 要旨: Influenza B virus (IBV) infections can cause severe disease in children and the elderly. Commonly used antivirals have lower clinical effectiveness against IBV compared to influenza A viruses (IAV). ...Influenza B virus (IBV) infections can cause severe disease in children and the elderly. Commonly used antivirals have lower clinical effectiveness against IBV compared to influenza A viruses (IAV). Neuraminidase (NA), the second major surface protein on the influenza virus, is emerging as a target of broadly protective antibodies that recognize the NA active site of IAVs. However, similarly broadly protective antibodies against IBV NA have not been identified. Here, we isolated and characterized human monoclonal antibodies (mAbs) that target IBV NA from an IBV-infected patient. Two mAbs displayed broad and potent capacity to inhibit IBV NA enzymatic activity, neutralize the virus in vitro, and protect against lethal IBV infection in mice in prophylactic and therapeutic settings. These mAbs inserted long CDR-H3 loops into the NA active site, engaging residues highly conserved among IBV NAs. These mAbs provide a blueprint for the development of improved vaccines and therapeutics against IBVs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v4o.cif.gz | 547.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v4o.ent.gz | 461.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v4o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v4o_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6v4o_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6v4o_validation.xml.gz | 87.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v4o_validation.cif.gz | 127.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-抗体 , 2種, 8分子 ACDHBEGL
#2: 抗体 | 分子量: 26840.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 23327.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 8分子 IMNW
#1: タンパク質 | 分子量: 50038.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) 遺伝子: NA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: A0A4P8YQ63, UniProt: A0A1S5RAG6*PLUS, exo-alpha-sialidase #6: 化合物 | ChemComp-CA / |
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-糖 , 2種, 8分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-BMA / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.4 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 459004 | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150730 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 89 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: CORRELATION COEFFICIENT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6V4N | ||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 2.8 Å |