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万見
- PDB-6tz4: CryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament compos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tz4
タイトルCryoEM reconstruction of membrane-bound ESCRT-III filament composed of CHMP1B+IST1 (right-handed)
要素
  • Charged multivesicular body protein 1b
  • IST1 homolog
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / membrane remodeling / membrane-bound protein filament / ESCRT-III
機能・相同性
機能・相同性情報


MIT domain binding / abscission / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway ...MIT domain binding / abscission / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / ESCRT III complex disassembly / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / cytoskeleton-dependent cytokinesis / regulation of centrosome duplication / collateral sprouting / nuclear membrane reassembly / positive regulation of collateral sprouting / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / midbody abscission / multivesicular body sorting pathway / plasma membrane repair / membrane coat / membrane fission / late endosome to vacuole transport / multivesicular body membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / regulation of mitotic spindle assembly / multivesicular body assembly / Flemming body / mitotic metaphase chromosome alignment / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / positive regulation of proteolysis / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / autophagosome membrane / autophagosome maturation / nuclear pore / multivesicular body / viral budding from plasma membrane / establishment of protein localization / kinetochore / autophagy / azurophil granule lumen / protein localization / protein transport / nuclear envelope / midbody / endosome membrane / cadherin binding / protein domain specific binding / lysosomal membrane / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / chromatin / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vacuolar protein sorting-associated protein Ist1 / Vacuolar protein sorting-associated protein IST1-like / Regulator of Vps4 activity in the MVB pathway / Snf7 family / Snf7
類似検索 - ドメイン・相同性
IST1 homolog / Charged multivesicular body protein 1b
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Nguyen, H.C. / Frost, A.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50 AI150464 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020054 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD021741 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD021596-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1DP2GM110772-01 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Membrane constriction and thinning by sequential ESCRT-III polymerization.
著者: Henry C Nguyen / Nathaniel Talledge / John McCullough / Abhimanyu Sharma / Frank R Moss / Janet H Iwasa / Michael D Vershinin / Wesley I Sundquist / Adam Frost /
要旨: The endosomal sorting complexes required for transport (ESCRTs) mediate diverse membrane remodeling events. These typically require ESCRT-III proteins to stabilize negatively curved membranes; ...The endosomal sorting complexes required for transport (ESCRTs) mediate diverse membrane remodeling events. These typically require ESCRT-III proteins to stabilize negatively curved membranes; however, recent work has indicated that certain ESCRT-IIIs also participate in positive-curvature membrane-shaping reactions. ESCRT-IIIs polymerize into membrane-binding filaments, but the structural basis for negative versus positive membrane remodeling by these proteins remains poorly understood. To learn how certain ESCRT-IIIs shape positively curved membranes, we determined structures of human membrane-bound CHMP1B-only, membrane-bound CHMP1B + IST1, and IST1-only filaments by cryo-EM. Our structures show how CHMP1B first polymerizes into a single-stranded helical filament, shaping membranes into moderate-curvature tubules. Subsequently, IST1 assembles a second strand on CHMP1B, further constricting the membrane tube and reducing its diameter nearly to the fission point. Each step of constriction thins the underlying bilayer, lowering the barrier to membrane fission. Our structures reveal how a two-component, sequential polymerization mechanism drives membrane tubulation, constriction and bilayer thinning.
履歴
登録2019年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-20588
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20588
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
JB: Charged multivesicular body protein 1b
MB: IST1 homolog
A: Charged multivesicular body protein 1b
B: IST1 homolog
C: Charged multivesicular body protein 1b
D: IST1 homolog
E: Charged multivesicular body protein 1b
F: IST1 homolog
G: Charged multivesicular body protein 1b
H: IST1 homolog
I: Charged multivesicular body protein 1b
J: IST1 homolog
K: Charged multivesicular body protein 1b
L: IST1 homolog
M: Charged multivesicular body protein 1b
N: IST1 homolog
O: Charged multivesicular body protein 1b
P: IST1 homolog
Q: Charged multivesicular body protein 1b
R: IST1 homolog
S: Charged multivesicular body protein 1b
T: IST1 homolog
V: Charged multivesicular body protein 1b
W: IST1 homolog
X: Charged multivesicular body protein 1b
Y: IST1 homolog
Z: Charged multivesicular body protein 1b
AA: IST1 homolog
BA: Charged multivesicular body protein 1b
CA: IST1 homolog
DA: Charged multivesicular body protein 1b
EA: IST1 homolog
FA: Charged multivesicular body protein 1b
GA: IST1 homolog
HA: Charged multivesicular body protein 1b
IA: IST1 homolog
JA: Charged multivesicular body protein 1b
KA: IST1 homolog
LA: Charged multivesicular body protein 1b
MA: IST1 homolog
NA: Charged multivesicular body protein 1b
OA: IST1 homolog
PA: Charged multivesicular body protein 1b
QA: IST1 homolog
RA: Charged multivesicular body protein 1b
SA: IST1 homolog
TA: Charged multivesicular body protein 1b
UA: IST1 homolog
VA: Charged multivesicular body protein 1b
WA: IST1 homolog
XA: Charged multivesicular body protein 1b
YA: IST1 homolog
ZA: Charged multivesicular body protein 1b
AB: IST1 homolog
BB: Charged multivesicular body protein 1b
CB: IST1 homolog
DB: Charged multivesicular body protein 1b
EB: IST1 homolog
FB: Charged multivesicular body protein 1b
GB: IST1 homolog
HB: Charged multivesicular body protein 1b
IB: IST1 homolog
LB: Charged multivesicular body protein 1b
KB: IST1 homolog
NB: Charged multivesicular body protein 1b
OB: IST1 homolog
PB: Charged multivesicular body protein 1b
QB: IST1 homolog
RB: Charged multivesicular body protein 1b
SB: IST1 homolog
02: Charged multivesicular body protein 1b
01: IST1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,573,72772
ポリマ－1,573,72772
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 36 / Rise per n subunits: 2.96 Å / Rotation per n subunits: 20.02 °)

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要素

#1: タンパク質 ...
Charged multivesicular body protein 1b / CHMP1.5 / Chromatin-modifying protein 1b / CHMP1b / Vacuolar protein sorting-associated protein 46- ...CHMP1.5 / Chromatin-modifying protein 1b / CHMP1b / Vacuolar protein sorting-associated protein 46-2 / hVps46-2


分子量: 22140.354 Da / 分子数: 36 / 変異: K37E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHMP1B, C18orf2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7LBR1
#2: タンパク質 ...
IST1 homolog / hIST1 / Putative MAPK-activating protein PM28


分子量: 21574.281 Da / 分子数: 36 / Fragment: N-terminal domain (UNP residues 1-189) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IST1, KIAA0174 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53990

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: membrane-bound ESCRT-III copolymer filament composed of CHMP1B and IST1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 292 K
詳細: Grids were blotted with Whatman No. 1 filter paper for 4-8 seconds with a 0 mm offset at 19C and 100 percent humidity before plunging into liquid ethane

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 44 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
9PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 20.02 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.96 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61974 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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