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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tqh | ||||||
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タイトル | Escherichia coli AdhE structure in its extended conformation | ||||||
要素 | Aldehyde-alcohol dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / bacterial metabolism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ethanol biosynthetic process / mixed acid fermentation / : / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / carbon utilization / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / ferrous iron binding / protein homooligomerization ...ethanol biosynthetic process / mixed acid fermentation / : / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / carbon utilization / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / ferrous iron binding / protein homooligomerization / response to oxidative stress / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Fronzes, R. / Pony, P. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Filamentation of the bacterial bi-functional alcohol/aldehyde dehydrogenase AdhE is essential for substrate channeling and enzymatic regulation. 著者: Pauline Pony / Chiara Rapisarda / Laurent Terradot / Esther Marza / Rémi Fronzes / 要旨: Acetaldehyde-alcohol dehydrogenase (AdhE) enzymes are a key metabolic enzyme in bacterial physiology and pathogenicity. They convert acetyl-CoA to ethanol via an acetaldehyde intermediate during ...Acetaldehyde-alcohol dehydrogenase (AdhE) enzymes are a key metabolic enzyme in bacterial physiology and pathogenicity. They convert acetyl-CoA to ethanol via an acetaldehyde intermediate during ethanol fermentation in an anaerobic environment. This two-step reaction is associated to NAD regeneration, essential for glycolysis. The bifunctional AdhE enzyme is conserved in all bacterial kingdoms but also in more phylogenetically distant microorganisms such as green microalgae. It is found as an oligomeric form called spirosomes, for which the function remains elusive. Here, we use cryo-electron microscopy to obtain structures of Escherichia coli spirosomes in different conformational states. We show that spirosomes contain active AdhE monomers, and that AdhE filamentation is essential for its activity in vitro and function in vivo. The detailed analysis of these structures provides insight showing that AdhE filamentation is essential for substrate channeling within the filament and for the regulation of enzyme activity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tqh.cif.gz | 828 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tqh.ent.gz | 687 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tqh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tqh_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tqh_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6tqh_validation.xml.gz | 82.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tqh_validation.cif.gz | 122.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/6tqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/6tqh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96244.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: adhE, ana, b1241, JW1228 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A9Q7, alcohol dehydrogenase, acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AdhE dimer in complex with NAD+ and Fe2+ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Calibrated defocus min: 0.5 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138927 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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