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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tpq | ||||||
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タイトル | RNase M5 bound to 50S ribosome with precursor 5S rRNA | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / RNase M5 / M5 / complex / ribosome / 50S / RNA maturation / RNA processing / precursor 5S rRNA / pre-5S rRNA / 5S rRNA / L18 / Toprim domain / RNase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease M5 / ribonuclease M5 activity / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit ...ribonuclease M5 / ribonuclease M5 activity / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / rRNA processing / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.07 Å | ||||||
データ登録者 | Oerum, S. / Dendooven, T. / Gilet, L. / Catala, M. / Degut, C. / Trinquier, A. / Barraud, P. / Luisi, B. / Condon, C. / Tisne, C. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: Structures of B. subtilis Maturation RNases Captured on 50S Ribosome with Pre-rRNAs. 著者: Stephanie Oerum / Tom Dendooven / Marjorie Catala / Laetitia Gilet / Clément Dégut / Aude Trinquier / Maxime Bourguet / Pierre Barraud / Sarah Cianferani / Ben F Luisi / Ciarán Condon / Carine Tisné / 要旨: The pathways for ribosomal RNA (rRNA) maturation diverge greatly among the domains of life. In the Gram-positive model bacterium, Bacillus subtilis, the final maturation steps of the two large ...The pathways for ribosomal RNA (rRNA) maturation diverge greatly among the domains of life. In the Gram-positive model bacterium, Bacillus subtilis, the final maturation steps of the two large ribosomal subunit (50S) rRNAs, 23S and 5S pre-rRNAs, are catalyzed by the double-strand specific ribonucleases (RNases) Mini-RNase III and RNase M5, respectively. Here we present a protocol that allowed us to solve the 3.0 and 3.1 Å resolution cryoelectron microscopy structures of these RNases poised to cleave their pre-rRNA substrates within the B. subtilis 50S particle. These data provide the first structural insights into rRNA maturation in bacteria by revealing how these RNases recognize and process double-stranded pre-rRNA. Our structures further uncover how specific ribosomal proteins act as chaperones to correctly fold the pre-rRNA substrates and, for Mini-III, anchor the RNase to the ribosome. These r-proteins thereby serve a quality-control function in the process from accurate ribosome assembly to rRNA processing. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tpq.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tpq.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tpq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tpq_validation.pdf.gz | 483.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tpq_full_validation.pdf.gz | 524.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6tpq_validation.xml.gz | 103.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tpq_validation.cif.gz | 200.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 BA
#1: タンパク質 | 分子量: 20778.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: rnmV, B4109_0079, B4114_0027, D9548_05595, GT94_11730, TGS27_1231 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A087LGV4, ribonuclease M5 |
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-RNA鎖 , 2種, 2分子 VU
#2: RNA鎖 | 分子量: 39687.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: GenBank: 1150402534 |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 948320.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 参照: GenBank: 467326 |
+50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 bWXYZacdefghijklmnopqrstuvw
-非ポリマー , 2種, 222分子
#31: 化合物 | ChemComp-MG / #32: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 23.94 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 92799 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3J3V Accession code: 3J3V / Source name: PDB / タイプ: experimental model |