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- PDB-6snw: Structure of Coxsackievirus A10 complexed with its receptor KREMEN1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6snw
タイトルStructure of Coxsackievirus A10 complexed with its receptor KREMEN1
要素
  • (Capsid protein ...) x 2
  • (Coxsackievirus ...) x 2
  • Kremen protein 1
キーワードVIRUS / CV-A10 / KREMEN1 / Virus-receptor complex / Hand / foot and mouth disease / picornavirus uncoating intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by LRP5 mutants / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / negative regulation of axon regeneration / cell communication / negative regulation of ossification / regulation of canonical Wnt signaling pathway / limb development / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus ...Signaling by LRP5 mutants / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / negative regulation of axon regeneration / cell communication / negative regulation of ossification / regulation of canonical Wnt signaling pathway / limb development / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / TCF dependent signaling in response to WNT / host cell cytoplasmic vesicle membrane / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / Wnt signaling pathway / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / neuronal cell body / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Kremen / : / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. / present in yeast cell wall integrity and stress response component proteins / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. ...Kremen / : / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. / present in yeast cell wall integrity and stress response component proteins / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SPHINGOSINE / Genome polyprotein / Kremen protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zhao, Y. / Zhou, D. / Ni, T. / Karia, D. / Kotecha, A. / Wang, X. / Rao, Z. / Jones, E.Y. / Fry, E.E. / Ren, J. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
Wellcome Trust101122/Z/13/Z 英国
Cancer Research UKC375/A17721 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Hand-foot-and-mouth disease virus receptor KREMEN1 binds the canyon of Coxsackie Virus A10.
著者: Yuguang Zhao / Daming Zhou / Tao Ni / Dimple Karia / Abhay Kotecha / Xiangxi Wang / Zihe Rao / E Yvonne Jones / Elizabeth E Fry / Jingshan Ren / David I Stuart /
要旨: Coxsackievirus A10 (CV-A10) is responsible for an escalating number of severe infections in children, but no prophylactics or therapeutics are currently available. KREMEN1 (KRM1) is the entry ...Coxsackievirus A10 (CV-A10) is responsible for an escalating number of severe infections in children, but no prophylactics or therapeutics are currently available. KREMEN1 (KRM1) is the entry receptor for the largest receptor-group of hand-foot-and-mouth disease causing viruses, which includes CV-A10. We report here structures of CV-A10 mature virus alone and in complex with KRM1 as well as of the CV-A10 A-particle. The receptor spans the viral canyon with a large footprint on the virus surface. The footprint has some overlap with that seen for the neonatal Fc receptor complexed with enterovirus E6 but is larger and distinct from that of another enterovirus receptor SCARB2. Reduced occupancy of a particle-stabilising pocket factor in the complexed virus and the presence of both unbound and expanded virus particles suggests receptor binding initiates a cascade of conformational changes that produces expanded particles primed for viral uncoating.
履歴
登録2019年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - software_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10263
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10263
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP1
B: Coxsackievirus VP2
C: Capsid protein VP3
D: Coxsackievirus VP4
E: Kremen protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,1338
ポリマ－136,3915
非ポリマー7423
水00
1
A: Capsid protein VP1
B: Coxsackievirus VP2
C: Capsid protein VP3
D: Coxsackievirus VP4
E: Kremen protein 1
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,228,000480
ポリマ－8,183,486300
非ポリマー44,514180
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
手法UCSF CHIMERA

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要素

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Capsid protein ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Capsid protein VP1


分子量: 33191.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: Q6JKR9, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Capsid protein VP3


分子量: 26219.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: Q6JKR9, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase

-
Coxsackievirus ... , 2種, 2分子 BD

#2: タンパク質 Coxsackievirus VP2


分子量: 27729.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: Q6JKR9, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 Coxsackievirus VP4


分子量: 7464.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: Q6JKR9, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 / 非ポリマー / 糖 , 3種, 4分子 E

#5: タンパク質 Kremen protein 1 / Dickkopf receptor / Kringle domain-containing transmembrane protein 1 / Kringle-containing protein ...Dickkopf receptor / Kringle domain-containing transmembrane protein 1 / Kringle-containing protein marking the eye and the nose


分子量: 41786.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KREMEN1, KREMEN, KRM1 / Cell (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96MU8
#6: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Coxsackievirus A10COMPLEX#1-#50MULTIPLE SOURCES
2Coxsackievirus A10COMPLEX#1-#41NATURAL
3KREMEN1COMPLEX#51RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
22Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)42769Kowalik
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Homo sapiens
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3488: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1597 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0098989
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.88412266
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.5695301
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0531336
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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