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- PDB-6r7g: Atomic structure of potato virus X, the prototype of the Alphafle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r7g
タイトルAtomic structure of potato virus X, the prototype of the Alphaflexiviridae family
要素
  • Coat protein
  • polyU RNA
キーワードVIRUS / Coat Protein / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Potexviruses and carlaviruses coat protein signature. / Potex/carlavirus coat protein / Viral coat protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Coat protein / Coat protein
類似検索 - 構成要素
生物種Potato virus X (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Grinzato, A. / Kandiah, E. / Lico, C. / Betti, C. / Baschieri, S. / Zanotti, G.
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Atomic structure of potato virus X, the prototype of the Alphaflexiviridae family.
著者: Alessandro Grinzato / Eaazhisai Kandiah / Chiara Lico / Camilla Betti / Selene Baschieri / Giuseppe Zanotti /
要旨: Potato virus X (PVX) is a positive-sense single-stranded RNA (ssRNA) filamentous plant virus belonging to the Alphaflexiviridae family, considered in recent years as a tool for nanotechnology ...Potato virus X (PVX) is a positive-sense single-stranded RNA (ssRNA) filamentous plant virus belonging to the Alphaflexiviridae family, considered in recent years as a tool for nanotechnology applications. We present the cryo-electron microscopy structure of the PVX particle at a resolution of 2.2 Å. The well-defined density of the coat proteins and of the genomic RNA allowed a detailed analysis of protein-RNA interactions, including those mediated by solvent molecules. The particle is formed by repeated segments made of 8.8 coat proteins, forming a left-handed helical structure. The RNA runs in an internal crevice along the virion, packaged in 5-nucleotide repeats in which the first four bases are stacked in the classical way, while the fifth is rotated and nearly perpendicular. The resolution of the structure described here suggests a mechanism for the virion assembly and potentially provides a platform for the rational design of antiviral compounds and for the use of PVX in nanotechnology.
履歴
登録2019年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年3月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年3月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年3月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02020年3月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年3月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4740
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4740
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
L: Coat protein
M: Coat protein
R: polyU RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)313,83414
ポリマ－313,83414
非ポリマー00
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area80080 Å2
ΔGint-584 kcal/mol
Surface area111830 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Coat protein


分子量: 22519.514 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Potato virus X (ウイルス) / 参照: UniProt: Q71E38, UniProt: P17782*PLUS
#2: RNA鎖 polyU RNA


分子量: 21080.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Potato virus X (ウイルス)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Potato virus X / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Potato virus X (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 36 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
11RELION3分類
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 40.5 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.96 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 331130 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00622551
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.83531033
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.96613487
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0543595
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063826

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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