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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qpw | ||||||
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タイトル | Structural basis of cohesin ring opening | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE / Chromatin / genome segregation / cohesin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic cohesin complex / cohesin loader activity / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / cohesin complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / synaptonemal complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion ...Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic cohesin complex / cohesin loader activity / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / cohesin complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / synaptonemal complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / protein acetylation / chromosome, centromeric region / condensed nuclear chromosome / double-strand break repair / mitotic cell cycle / double-stranded DNA binding / cell division / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Panne, D. / Muir, K.W. / Li, Y. / Weis, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: The structure of the cohesin ATPase elucidates the mechanism of SMC-kleisin ring opening. 著者: Kyle W Muir / Yan Li / Felix Weis / Daniel Panne / 要旨: Genome regulation requires control of chromosome organization by SMC-kleisin complexes. The cohesin complex contains the Smc1 and Smc3 subunits that associate with the kleisin Scc1 to form a ring- ...Genome regulation requires control of chromosome organization by SMC-kleisin complexes. The cohesin complex contains the Smc1 and Smc3 subunits that associate with the kleisin Scc1 to form a ring-shaped complex that can topologically engage chromatin to regulate chromatin structure. Release from chromatin involves opening of the ring at the Smc3-Scc1 interface in a reaction that is controlled by acetylation and engagement of the Smc ATPase head domains. To understand the underlying molecular mechanisms, we have determined the 3.2-Å resolution cryo-electron microscopy structure of the ATPγS-bound, heterotrimeric cohesin ATPase head module and the 2.1-Å resolution crystal structure of a nucleotide-free Smc1-Scc1 subcomplex from Saccharomyces cerevisiae and Chaetomium thermophilium. We found that ATP-binding and Smc1-Smc3 heterodimerization promote conformational changes within the ATPase that are transmitted to the Smc coiled-coil domains. Remodeling of the coiled-coil domain of Smc3 abrogates the binding surface for Scc1, thus leading to ring opening at the Smc3-Scc1 interface. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qpw.cif.gz | 167.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qpw.ent.gz | 130.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qpw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qpw_validation.pdf.gz | 863.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qpw_full_validation.pdf.gz | 869.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6qpw_validation.xml.gz | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qpw_validation.cif.gz | 53.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/6qpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qp/6qpw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Structural maintenance of chromosomes ... , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 27570.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0066330 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGH3 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 61051.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: SMC3, YJL074C, J1049 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47037 |
-Sister chromatid cohesion protein ... , 2種, 2分子 BE
#2: タンパク質 | 分子量: 9489.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: MCD1, PDS3, RHC21, SCC1, YDL003W, YD8119.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12158 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 42292.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母), (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: MCD1, PDS3, RHC21, SCC1, YDL003W, YD8119.04, CTHT_0066330 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12158, UniProt: G0SGH3 |
-非ポリマー , 2種, 4分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 42.08 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 178162 / 対称性のタイプ: POINT |