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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qn1 | ||||||
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タイトル | T=4 quasi-symmetric bacterial microcompartment particle | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / bacterial microcompartment / protein shell / GRM2 type microcompartment / EutN / ccmK / PduA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å | ||||||
データ登録者 | Kalnins, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Encapsulation mechanisms and structural studies of GRM2 bacterial microcompartment particles. 著者: Gints Kalnins / Eva-Emilija Cesle / Juris Jansons / Janis Liepins / Anatolij Filimonenko / Kaspars Tars / 要旨: Bacterial microcompartments (BMCs) are prokaryotic organelles consisting of a protein shell and an encapsulated enzymatic core. BMCs are involved in several biochemical processes, such as choline, ...Bacterial microcompartments (BMCs) are prokaryotic organelles consisting of a protein shell and an encapsulated enzymatic core. BMCs are involved in several biochemical processes, such as choline, glycerol and ethanolamine degradation and carbon fixation. Since non-native enzymes can also be encapsulated in BMCs, an improved understanding of BMC shell assembly and encapsulation processes could be useful for synthetic biology applications. Here we report the isolation and recombinant expression of BMC structural genes from the Klebsiella pneumoniae GRM2 locus, the investigation of mechanisms behind encapsulation of the core enzymes, and the characterization of shell particles by cryo-EM. We conclude that the enzymatic core is encapsulated in a hierarchical manner and that the CutC choline lyase may play a secondary role as an adaptor protein. We also present a cryo-EM structure of a pT = 4 quasi-symmetric icosahedral shell particle at 3.3 Å resolution, and demonstrate variability among the minor shell forms. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qn1.cif.gz | 2.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qn1.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6qn1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qn1_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qn1_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6qn1_validation.xml.gz | 434.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qn1_validation.cif.gz | 655.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/6qn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/6qn1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9962.463 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ccmL, SAMEA4873648_04509 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A486QTH6 #2: タンパク質 | 分子量: 10309.946 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J4R4X1 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: T=4 quasi-symmetric bacterial microcompartment particle タイプ: COMPLEX 詳細: Bacterial microcompartment particle made by coexpression of shell proteins Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 2.45 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was purified with gel filtration | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K / 詳細: blot for 4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1400 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 1316 |
電子光学装置 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 62533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45915 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 149.892 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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