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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qd8 | |||||||||
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タイトル | EM structure of a EBOV-GP bound to 4M0368 neutralizing antibody | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Antibody / immune response / viral infection / EBOV | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Ebola virus (エボラウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Diskin, R. / Cohen-Dvashi, H. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Med / 年: 2019 タイトル: Polyclonal and convergent antibody response to Ebola virus vaccine rVSV-ZEBOV. 著者: Stefanie A Ehrhardt / Matthias Zehner / Verena Krähling / Hadas Cohen-Dvashi / Christoph Kreer / Nadav Elad / Henning Gruell / Meryem S Ercanoglu / Philipp Schommers / Lutz Gieselmann / Ralf ...著者: Stefanie A Ehrhardt / Matthias Zehner / Verena Krähling / Hadas Cohen-Dvashi / Christoph Kreer / Nadav Elad / Henning Gruell / Meryem S Ercanoglu / Philipp Schommers / Lutz Gieselmann / Ralf Eggeling / Christine Dahlke / Timo Wolf / Nico Pfeifer / Marylyn M Addo / Ron Diskin / Stephan Becker / Florian Klein / 要旨: Recombinant vesicular stomatitis virus-Zaire Ebola virus (rVSV-ZEBOV) is the most advanced Ebola virus vaccine candidate and is currently being used to combat the outbreak of Ebola virus disease (EVD) ...Recombinant vesicular stomatitis virus-Zaire Ebola virus (rVSV-ZEBOV) is the most advanced Ebola virus vaccine candidate and is currently being used to combat the outbreak of Ebola virus disease (EVD) in the Democratic Republic of the Congo (DRC). Here we examine the humoral immune response in a subset of human volunteers enrolled in a phase 1 rVSV-ZEBOV vaccination trial by performing comprehensive single B cell and electron microscopy structure analyses. Four studied vaccinees show polyclonal, yet reproducible and convergent B cell responses with shared sequence characteristics. EBOV-targeting antibodies cross-react with other Ebolavirus species, and detailed epitope mapping revealed overlapping target epitopes with antibodies isolated from EVD survivors. Moreover, in all vaccinees, we detected highly potent EBOV-neutralizing antibodies with activities comparable or superior to the monoclonal antibodies currently used in clinical trials. These include antibodies combining the IGHV3-15/IGLV1-40 immunoglobulin gene segments that were identified in all investigated individuals. Our findings will help to evaluate and direct current and future vaccination strategies and offer opportunities for novel EVD therapies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qd8.cif.gz | 331.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qd8.ent.gz | 263.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qd8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6qd8_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6qd8_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6qd8_validation.xml.gz | 63.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6qd8_validation.cif.gz | 95.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/6qd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/6qd8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBFD
#2: タンパク質 | 分子量: 34887.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: GP / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320 #3: タンパク質 | 分子量: 18989.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: GP / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05320 |
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-抗体 , 2種, 6分子 ZYLHWQ
#1: 抗体 | 分子量: 23411.900 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 23091.916 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 2種, 6分子
#5: 多糖 | #6: 糖 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 96000 X / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 27 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3297: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 123880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123880 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5JQ3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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