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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6px3 | ||||||
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タイトル | Set2 bound to nucleosome | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / Set2 / nucleosome / chromatin / KMT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / ribosomal large subunit export from nucleus / modification-dependent protein catabolic process / structural constituent of chromatin / protein tag activity / nucleosome / nucleosome assembly / ribosome biogenesis / chromosome ...[histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / ribosomal large subunit export from nucleus / modification-dependent protein catabolic process / structural constituent of chromatin / protein tag activity / nucleosome / nucleosome assembly / ribosome biogenesis / chromosome / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / methylation / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / protein heterodimerization activity / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Chaetomium thermophilum (菌類) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
データ登録者 | Halic, M. / Bilokapic, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Nucleosome and ubiquitin position Set2 to methylate H3K36. 著者: Silvija Bilokapic / Mario Halic / 要旨: Histone H3 lysine 36 methylation (H3K36me) is a conserved histone modification deposited by the Set2 methyltransferases. Recent findings show that over-expression or mutation of Set2 enzymes promotes ...Histone H3 lysine 36 methylation (H3K36me) is a conserved histone modification deposited by the Set2 methyltransferases. Recent findings show that over-expression or mutation of Set2 enzymes promotes cancer progression, however, mechanisms of H3K36me are poorly understood. Set2 enzymes show spurious activity on histones and histone tails, and it is unknown how they obtain specificity to methylate H3K36 on the nucleosome. In this study, we present 3.8 Å cryo-EM structure of Set2 bound to the mimic of H2B ubiquitinated nucleosome. Our structure shows that Set2 makes extensive interactions with the H3 αN, the H3 tail, the H2A C-terminal tail and stabilizes DNA in the unwrapped conformation, which positions Set2 to specifically methylate H3K36. Moreover, we show that ubiquitin contributes to Set2 positioning on the nucleosome and stimulates the methyltransferase activity. Notably, our structure uncovers interfaces that can be targeted by small molecules for development of future cancer therapies. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6px3.cif.gz | 350.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6px3.ent.gz | 267.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6px3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6px3_validation.pdf.gz | 825.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6px3_full_validation.pdf.gz | 835.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6px3_validation.xml.gz | 36.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6px3_validation.cif.gz | 58.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/6px3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/6px3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 9分子 AEBFCGDHS
#1: タンパク質 | 分子量: 15437.144 Da / 分子数: 2 / 変異: K36M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: XELAEV_18002543mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A310TTQ1, UniProt: P02302*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 24045.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 株: ATCC 204508 / S288c 遺伝子: RPL40B, UBI2, YKR094C, hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CH09, UniProt: Q6AZJ8 #4: タンパク質 | 分子量: 13655.948 Da / 分子数: 2 / 変異: S29T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281 #7: タンパク質 | | 分子量: 105425.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0025760 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S676, histone-lysine N-methyltransferase |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 45764.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 46222.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 1種, 3分子
#8: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.26 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | |||||||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | |||||||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD | |||||||||||||||||||||||||
撮影 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3546: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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