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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pci | |||||||||
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タイトル | EBOV GPdMuc (Makona) in complex with rEBOV-520 and rEBOV-548 Fabs | |||||||||
要素 |
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キーワード | immune system / viral protein / Ebola / filovirus / antibody / synergy | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Ebola virus (エボラウイルス) Homo sapiens (ヒト) Zaire ebolavirus (エボラウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Ward, A.B. / Murin, C.D. / Alkutkar, T. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2020 タイトル: Analysis of a Therapeutic Antibody Cocktail Reveals Determinants for Cooperative and Broad Ebolavirus Neutralization. 著者: Pavlo Gilchuk / Charles D Murin / Jacob C Milligan / Robert W Cross / Chad E Mire / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Pilar X Altman / Sean Hui / Bronwyn M Gunn / Aubrey L ...著者: Pavlo Gilchuk / Charles D Murin / Jacob C Milligan / Robert W Cross / Chad E Mire / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Pilar X Altman / Sean Hui / Bronwyn M Gunn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Hannah L Turner / Tanwee Alkutkar / Robin Flinko / Chiara Orlandi / Robert Carnahan / Rachel Nargi / Robin G Bombardi / Megan E Vodzak / Sheng Li / Adaora Okoli / Morris Ibeawuchi / Benjamin Ohiaeri / George K Lewis / Galit Alter / Alexander Bukreyev / Erica Ollmann Saphire / Thomas W Geisbert / Andrew B Ward / James E Crowe / 要旨: Structural principles underlying the composition of protective antiviral monoclonal antibody (mAb) cocktails are poorly defined. Here, we exploited antibody cooperativity to develop a therapeutic mAb ...Structural principles underlying the composition of protective antiviral monoclonal antibody (mAb) cocktails are poorly defined. Here, we exploited antibody cooperativity to develop a therapeutic mAb cocktail against Ebola virus. We systematically analyzed the antibody repertoire in human survivors and identified a pair of potently neutralizing mAbs that cooperatively bound to the ebolavirus glycoprotein (GP). High-resolution structures revealed that in a two-antibody cocktail, molecular mimicry was a major feature of mAb-GP interactions. Broadly neutralizing mAb rEBOV-520 targeted a conserved epitope on the GP base region. mAb rEBOV-548 bound to a glycan cap epitope, possessed neutralizing and Fc-mediated effector function activities, and potentiated neutralization by rEBOV-520. Remodeling of the glycan cap structures by the cocktail enabled enhanced GP binding and virus neutralization. The cocktail demonstrated resistance to virus escape and protected non-human primates (NHPs) against Ebola virus disease. These data illuminate structural principles of antibody cooperativity with implications for development of antiviral immunotherapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pci.cif.gz | 446.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pci.ent.gz | 351.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pci.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pci_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pci_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pci_validation.xml.gz | 71.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pci_validation.cif.gz | 109.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/6pci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/6pci | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Virion spike ... , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 31096.926 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1C4HDV6, UniProt: A0A068J419*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 22142.592 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス), (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) 遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0F6PDW0, UniProt: A0A068J419*PLUS |
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-抗体 , 4種, 12分子 HIJKLMQRSNOP
#2: 抗体 | 分子量: 25223.359 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 23324.775 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: 抗体 | 分子量: 23434.941 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #6: 抗体 | 分子量: 24073.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 2種, 15分子
#7: 多糖 | #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 詳細: Buffers were made fresh from 10X stocks. Detergent was made fresh in TBS as a 6X stock and added immediately prior to vitificaiton. | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Sample was blotted on both sides of the grid. Sample equilibrated in the chamber for 10s before blotting for 5s. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9.5 sec. / 電子線照射量: 51.85 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2832 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13114 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5JQ3 |