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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pb6 | ||||||
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タイトル | The E. coli class-II CAP-dependent transcription activation complex at the state 2 | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / class-II / CAP-dependent / transcription activation complex / state 2 architecture / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / cAMP binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.29 Å | ||||||
![]() | Liu, B. / Shi, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Visualization of two architectures in class-II CAP-dependent transcription activation. 著者: Wei Shi / Yanan Jiang / Yibin Deng / Zigang Dong / Bin Liu / ![]() ![]() 要旨: Transcription activation by cyclic AMP (cAMP) receptor protein (CAP) is the classic paradigm of transcription regulation in bacteria. CAP was suggested to activate transcription on class-II promoters ...Transcription activation by cyclic AMP (cAMP) receptor protein (CAP) is the classic paradigm of transcription regulation in bacteria. CAP was suggested to activate transcription on class-II promoters via a recruitment and isomerization mechanism. However, whether and how it modifies RNA polymerase (RNAP) to initiate transcription remains unclear. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of an intact Escherichia coli class-II CAP-dependent transcription activation complex (CAP-TAC) with and without de novo RNA transcript. The structures reveal two distinct architectures of TAC and raise the possibility that CAP binding may induce substantial conformational changes in all the subunits of RNAP and transiently widen the main cleft of RNAP to facilitate DNA promoter entering and formation of the initiation open complex. These structural changes vanish during further RNA transcript synthesis. The observations in this study may reveal a possible on-pathway intermediate and suggest a possibility that CAP activates transcription by inducing intermediate state, in addition to the previously proposed stabilization mechanism. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A7Z6, UniProt: P0A7Z4*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: B7MFL0, UniProt: P0A800*PLUS, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 , 2種, 3分子 FGH
#5: タンパク質 | 分子量: 72206.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 23672.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 12
#7: DNA鎖 | 分子量: 23976.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 24191.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 5分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CMP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CMP.gif)
#9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-MG / | #11: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.55 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.55 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 3 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS 詳細: Direct alignments: Beam tilt pivot points, Beam shift, Comma Free. C2 aperture centering, C2 lens astigmatism correction. Objective aperture centering and objective lens astigmatism correction. |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K |
撮影 | 平均露光時間: 45 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37456 / 対称性のタイプ: POINT |