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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o7x | ||||||
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タイトル | Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Proton pump | ||||||
機能・相同性 | ![]() vacuole-mitochondrion membrane contact site / cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proteasome storage granule assembly ...vacuole-mitochondrion membrane contact site / cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proteasome storage granule assembly / P-type proton-exporting transporter activity / pexophagy / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / protein targeting to vacuole / vacuolar transport / vacuole organization / proton-transporting V-type ATPase complex / fungal-type vacuole / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / endomembrane system / ATP metabolic process / H+-transporting two-sector ATPase / proton transmembrane transport / Neutrophil degranulation / phagocytic vesicle / RNA endonuclease activity / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / cell periphery / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / cytoplasmic stress granule / endocytosis / late endosome / ATPase binding / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / endosome membrane / membrane raft / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | ||||||
![]() | Vasanthakumar, T. / Bueler, S.A. / Wu, D. / Beilsten-Edmands, V. / Robinson, C.V. / Rubinstein, J.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural comparison of the vacuolar and Golgi V-ATPases from . 著者: Thamiya Vasanthakumar / Stephanie A Bueler / Di Wu / Victoria Beilsten-Edmands / Carol V Robinson / John L Rubinstein / ![]() ![]() 要旨: Proton-translocating vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are necessary for numerous processes in eukaryotic cells, including receptor-mediated endocytosis, protein maturation, and lysosomal ...Proton-translocating vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are necessary for numerous processes in eukaryotic cells, including receptor-mediated endocytosis, protein maturation, and lysosomal acidification. In mammals, V-ATPase subunit isoforms are differentially targeted to various intracellular compartments or tissues, but how these subunit isoforms influence enzyme activity is not clear. In the yeast , isoform diversity is limited to two different versions of the proton-translocating subunit a: Vph1p, which is targeted to the vacuole, and Stv1p, which is targeted to the Golgi apparatus and endosomes. We show that purified V-ATPase complexes containing Vph1p have higher ATPase activity than complexes containing Stv1p and that the relative difference in activity depends on the presence of lipids. We also show that V complexes containing Stv1p could be readily purified without attached V regions. We used this effect to determine structures of the membrane-embedded V region with Stv1p at 3.1-Å resolution, which we compare with a structure of the V region with Vph1p that we determine to 3.2-Å resolution. These maps reveal differences in the surface charge near the cytoplasmic proton half-channel. Both maps also show the presence of bound lipids, as well as regularly spaced densities that may correspond to ergosterol or bound detergent, around the c-ring. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 732.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0648MC ![]() 0644C ![]() 0645C ![]() 0646C ![]() 0647C ![]() 6o7tC ![]() 6o7uC ![]() 6o7vC ![]() 6o7wC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-V-type proton ATPase subunit ... , 13種, 26分子 OMNFBDJLHIKGPacdghijklmnoe
#1: タンパク質 | 分子量: 44241.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P31412 | ||||||||||||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 29235.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32610 | ||||||||||||||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 13479.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39111 | ||||||||||||||||||
#5: タンパク質 | 分子量: 57815.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P16140 #6: タンパク質 | 分子量: 12738.706 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48836 #7: タンパク質 | 分子量: 26508.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22203 #8: タンパク質 | | 分子量: 54482.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41807 #9: タンパク質 | | 分子量: 101762.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P37296 #11: タンパク質 | | 分子量: 22610.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | | 分子量: 39822.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32366 #13: タンパク質 | 分子量: 16357.501 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25515 #14: タンパク質 | | 分子量: 17046.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32842 #15: タンパク質 | | 分子量: 8387.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7B6 |
-タンパク質 , 3種, 5分子 EACbf
#4: タンパク質 | 分子量: 70515.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: RM11-1a / 参照: UniProt: B3LH69 #10: タンパク質 | | 分子量: 29694.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #16: タンパク質 | | 分子量: 9369.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C5R9 |
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-詳細
配列の詳細 | Authors state that the C-terminal 3XFLAG tag of V-type proton ATPase catalytic subunit A was ...Authors state that the C-terminal 3XFLAG tag of V-type proton ATPase catalytic subunit A was incorporated into the chromosome of S. cerevisiae by homologous recombination. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Saccharomyces cerevisiae V-ATPase Stv1-V1VO State 3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7283 / 対称性のタイプ: POINT |