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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nyy | ||||||
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タイトル | human m-AAA protease AFG3L2, substrate-bound | ||||||
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![]() | TRANSLOCASE / AAA+ / ATPase / protease / mitochondria / protein quality control / neurodegeneration / inner membrane / AFG3L2 / m/AAA protease | ||||||
機能・相同性 | ![]() m-AAA complex / mitochondrial protein processing / Processing of SMDT1 / calcium import into the mitochondrion / mitochondrial calcium ion homeostasis / membrane protein proteolysis / cristae formation / righting reflex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / nerve development ...m-AAA complex / mitochondrial protein processing / Processing of SMDT1 / calcium import into the mitochondrion / mitochondrial calcium ion homeostasis / membrane protein proteolysis / cristae formation / righting reflex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / nerve development / muscle cell development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / mitochondrial fusion / neuromuscular junction development / ATP-dependent peptidase activity / protein autoprocessing / regulation of multicellular organism growth / Mitochondrial protein degradation / myelination / axonogenesis / protein processing / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / unfolded protein binding / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
![]() | Lander, G.C. / Puchades, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Unique Structural Features of the Mitochondrial AAA+ Protease AFG3L2 Reveal the Molecular Basis for Activity in Health and Disease. 著者: Cristina Puchades / Bojian Ding / Albert Song / R Luke Wiseman / Gabriel C Lander / Steven E Glynn / ![]() 要旨: Mitochondrial AAA+ quality-control proteases regulate diverse aspects of mitochondrial biology through specialized protein degradation, but the underlying mechanisms of these enzymes remain poorly ...Mitochondrial AAA+ quality-control proteases regulate diverse aspects of mitochondrial biology through specialized protein degradation, but the underlying mechanisms of these enzymes remain poorly defined. The mitochondrial AAA+ protease AFG3L2 is of particular interest, as genetic mutations localized throughout AFG3L2 are linked to diverse neurodegenerative disorders. However, a lack of structural data has limited our understanding of how mutations impact enzymatic function. Here, we used cryoelectron microscopy (cryo-EM) to determine a substrate-bound structure of the catalytic core of human AFG3L2. This structure identifies multiple specialized structural features that integrate with conserved motifs required for ATP-dependent translocation to unfold and degrade targeted proteins. Many disease-relevant mutations localize to these unique structural features of AFG3L2 and distinctly influence its activity and stability. Our results provide a molecular basis for neurological phenotypes associated with different AFG3L2 mutations and establish a structural framework to understand how different members of the AAA+ superfamily achieve specialized biological functions. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 351.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 74 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 111.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 10分子 ABCDEFGHIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 58331.629 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y4W6, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 799.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 13分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: AFG3L2 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: Soluble domains of the AFG3L2, comprising the AAA+ ATPase and protease domains. Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: .360 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: DTT and ATP were added fresh before sample preparation | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Grids were plasma cleaned using a Solarus plasma cleaner (Gatan, Inc.). グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K 詳細: Sample was blotted for 3 seconds using Whatman No. 1 filter paper immediately prio to plunge-freezing. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 倍率(補正後): 43478 X / 最大 デフォーカス(公称値): 18000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 8000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K / 最低温度: 100 K / Residual tilt: 0.07 mradians |
撮影 | 平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 5707 / 詳細: Data collected with Leginon |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-30 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTF estimated with CTFFIND 4, local CTF estimated with タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4541491 / 詳細: Picked with FindEM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1129437 / アルゴリズム: BACK PROJECTION 詳細: Multi-body refinement was used to generate 3 different reconstructions that were stitched together 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 85 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL 詳細: The sequence was threaded onto the PDB ID 6AZ0 and built into the EM density with Coot. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6AZ0 Accession code: 6AZ0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |