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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6npk | ||||||
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タイトル | Structure of the TM domain | ||||||
要素 | Solute carrier family 12 (sodium/potassium/chloride transporter), member 2 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 swim bladder inflation / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / sodium ion homeostasis / ear development / ammonium transmembrane transport / chloride ion homeostasis / ammonium channel activity / potassium ion homeostasis ...swim bladder inflation / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / sodium ion homeostasis / ear development / ammonium transmembrane transport / chloride ion homeostasis / ammonium channel activity / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / inner ear morphogenesis / potassium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Feng, L. / Liao, M.F. / Orlando, B. / Zhang, J.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Structure and mechanism of the cation-chloride cotransporter NKCC1. 著者: Thomas A Chew / Benjamin J Orlando / Jinru Zhang / Naomi R Latorraca / Amy Wang / Scott A Hollingsworth / Dong-Hua Chen / Ron O Dror / Maofu Liao / Liang Feng / 要旨: Cation-chloride cotransporters (CCCs) mediate the electroneutral transport of chloride, potassium and/or sodium across the membrane. They have critical roles in regulating cell volume, controlling ...Cation-chloride cotransporters (CCCs) mediate the electroneutral transport of chloride, potassium and/or sodium across the membrane. They have critical roles in regulating cell volume, controlling ion absorption and secretion across epithelia, and maintaining intracellular chloride homeostasis. These transporters are primary targets for some of the most commonly prescribed drugs. Here we determined the cryo-electron microscopy structure of the Na-K-Cl cotransporter NKCC1, an extensively studied member of the CCC family, from Danio rerio. The structure defines the architecture of this protein family and reveals how cytosolic and transmembrane domains are strategically positioned for communication. Structural analyses, functional characterizations and computational studies reveal the ion-translocation pathway, ion-binding sites and key residues for transport activity. These results provide insights into ion selectivity, coupling and translocation, and establish a framework for understanding the physiological functions of CCCs and interpreting disease-related mutations. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6npk.cif.gz | 159.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6npk.ent.gz | 131.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6npk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6npk_validation.pdf.gz | 810.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6npk_full_validation.pdf.gz | 816.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6npk_validation.xml.gz | 32.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6npk_validation.cif.gz | 49.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6npk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6npk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0472MC 0470C 0471C 0473C 0474C 0475C 6nphC 6npjC 6nplC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50618.133 Da / 分子数: 2 / 断片: AA_permease domain, residues 206-677 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: slc12a2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A0G2KGS0, UniProt: A0A0G2KTI4*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: co-transporter without N-terminal / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 7.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 96 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 53 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 227231 / 対称性のタイプ: POINT |