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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nf4 | |||||||||
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タイトル | Structure of zebrafish Otop1 in nanodiscs | |||||||||
要素 | Otopetrin1 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Proton channel / Otopetrin | |||||||||
機能・相同性 | CHOLESTEROL / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Saotome, K. / Lee, W.H. / Liman, E.R. / Ward, A.B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structures of the otopetrin proton channels Otop1 and Otop3. 著者: Kei Saotome / Bochuan Teng / Che Chun Alex Tsui / Wen-Hsin Lee / Yu-Hsiang Tu / Joshua P Kaplan / Mark S P Sansom / Emily R Liman / Andrew B Ward / 要旨: Otopetrins (Otop1-Otop3) comprise one of two known eukaryotic proton-selective channel families. Otop1 is required for otoconia formation and a candidate mammalian sour taste receptor. Here we report ...Otopetrins (Otop1-Otop3) comprise one of two known eukaryotic proton-selective channel families. Otop1 is required for otoconia formation and a candidate mammalian sour taste receptor. Here we report cryo-EM structures of zebrafish Otop1 and chicken Otop3 in lipid nanodiscs. The structures reveal a dimeric architecture, with each subunit forming 12 transmembrane helices divided into structurally similar amino (N) and carboxy (C) domains. Cholesterol-like molecules occupy various sites in Otop1 and Otop3 and occlude a central tunnel. In molecular dynamics simulations, hydrophilic vestibules formed by the N and C domains and in the intrasubunit interface between N and C domains form conduits for water entry into the membrane core, suggesting three potential proton conduction pathways. By mutagenesis, we tested the roles of charged residues in each putative permeation pathway. Our results provide a structural basis for understanding selective proton permeation and gating of this conserved family of proton channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nf4.cif.gz | 184.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nf4.ent.gz | 142.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nf4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nf4_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6nf4_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6nf4_validation.xml.gz | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nf4_validation.cif.gz | 48.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/6nf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/6nf4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65817.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 化合物 | ChemComp-Y01 / #3: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Zebrafish Otopetrin1 in lipidic nanodiscs / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 65853 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 2.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67425 / 対称性のタイプ: POINT |