+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nbc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | human methemoglobin state 1 determined using single-particle cryo-EM at 200 keV | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / heme-binding / hetero-4-mer / globin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / platelet aggregation / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Herzik Jr., M.A. / Wu, M. / Lander, G.C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: High-resolution structure determination of sub-100 kDa complexes using conventional cryo-EM. 著者: Mark A Herzik / Mengyu Wu / Gabriel C Lander / 要旨: Determining high-resolution structures of biological macromolecules amassing less than 100 kilodaltons (kDa) has been a longstanding goal of the cryo-electron microscopy (cryo-EM) community. While ...Determining high-resolution structures of biological macromolecules amassing less than 100 kilodaltons (kDa) has been a longstanding goal of the cryo-electron microscopy (cryo-EM) community. While the Volta phase plate has enabled visualization of specimens in this size range, this instrumentation is not yet fully automated and can present technical challenges. Here, we show that conventional defocus-based cryo-EM methodologies can be used to determine high-resolution structures of specimens amassing less than 100 kDa using a transmission electron microscope operating at 200 keV coupled with a direct electron detector. Our ~2.7 Å structure of alcohol dehydrogenase (82 kDa) proves that bound ligands can be resolved with high fidelity to enable investigation of drug-target interactions. Our ~2.8 Å and ~3.2 Å structures of methemoglobin demonstrate that distinct conformational states can be identified within a dataset for proteins as small as 64 kDa. Furthermore, we provide the sub-nanometer cryo-EM structure of a sub-50 kDa protein. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nbc.cif.gz | 888 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6nbc.ent.gz | 779.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nbc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nbc_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6nbc_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6nbc_validation.xml.gz | 123.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nbc_validation.cif.gz | 176.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/6nbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/6nbc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0407MC 0406C 0408C 0409C 6nbbC 6nbdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10250 (タイトル: Human methemoglobin movies obtained using Talos Arctica operating at 200 kV equipped with a K2 Data size: 1.9 TB Data #1: Raw, unaligned movie stacks of human methemoglobin acquired on a Talos Arctica using a K2 direct electron detector [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
モデル数 | 4 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14993.159 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) Plasmid details: Obtained in lyophilized form from Sigma Aldrich 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 15459.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) Plasmid details: Obtained in lyophilized form from Sigma Aldrich 参照: UniProt: P68871 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: methemoglobin from human / タイプ: COMPLEX 詳細: Lyophilized human methemoglobin purchased from Sigma Aldrich Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.064 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Lyophilized human methemoglobin (Sigma Aldrich) was solubilized. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Grids were plasma cleaned using a Solarus plasma cleaner (Gatan, Inc.). グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Sample was manually blotted for 4-5 seconds using Whatman No. 1 filter paper immediately prior to plunge-freezing. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 73000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 16000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 5000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 11 sec. / 電子線照射量: 69 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1673 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 44 / 利用したフレーム数/画像: 1-44 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2580: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
画像処理 | 詳細: Counting mode, 250 ms frames, exposure rate of ~1.95 e- pixel-1 s-1, total exposure of ~69 e- angstrom-2 (1.57 e- angstrom-2 frame-1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1232543 / 詳細: Difference-of-Gaussian-picked. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24308 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 67 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4N7P PDB chain-ID: A / Accession code: 4N7P / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|