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- PDB-6mb2: Cryo-EM structure of the PYD filament of AIM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mb2
タイトルCryo-EM structure of the PYD filament of AIM2
要素
  • Green fluorescent protein
  • Interferon-inducible protein AIM2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Filament / higher order / innate immunity / inflammasome
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity ...pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / regulation of behavior / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / pyroptotic inflammatory response / T cell homeostasis / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / activation of innate immune response / bioluminescence / positive regulation of interleukin-1 beta production / generation of precursor metabolites and energy / brain development / positive regulation of inflammatory response / neuron cellular homeostasis / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related ...HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-inducible protein AIM2 / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5 Å
データ登録者Lu, A. / Li, Y. / Wu, H.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2015
タイトル: Plasticity in PYD assembly revealed by cryo-EM structure of the PYD filament of AIM2.
著者: Alvin Lu / Yang Li / Qian Yin / Jianbin Ruan / Xiong Yu / Edward Egelman / Hao Wu /
要旨: Absent in melanoma 2 (AIM2) is an essential cytosolic double-stranded DNA receptor that assembles with the adaptor, apoptosis-associated speck-like protein containing a caspase recruitment domain ...Absent in melanoma 2 (AIM2) is an essential cytosolic double-stranded DNA receptor that assembles with the adaptor, apoptosis-associated speck-like protein containing a caspase recruitment domain (ASC), and caspase-1 to form the AIM2 inflammasome, which leads to proteolytic maturation of cytokines and pyroptotic cell death. AIM2 contains an N-terminal Pyrin domain (PYD) that interacts with ASC through PYD/PYD interactions and nucleates ASC filament formation. To elucidate the molecular basis of AIM2-induced ASC polymerization, we generated AIM2 filaments fused to green fluorescent protein (GFP) and determined its cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure. The map showed distinct definition of helices, allowing fitting of the crystal structure. Surprisingly, the GFP-AIM2 filament is a 1-start helix with helical parameters distinct from those of the 3-start ASC filament. However, despite the apparent symmetry difference, helical net and detailed interface analyses reveal minimal changes in subunit packing. GFP-AIM2 nucleated ASC filament formation in comparable efficiency as untagged AIM2, suggesting assembly plasticity in both AIM2 and ASC. The DNA-binding domain of AIM2 is able to form AIM2/DNA filaments, within which the AIM2 is brought into proximity to template ASC filament assembly. Because ASC is able to interact with many PYD-containing receptors for the formation of inflammasomes, the observed structural plasticity may be critically important for this versatility in the PYD/PYD interactions.
履歴
登録2018年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9064
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-inducible protein AIM2
B: Interferon-inducible protein AIM2
C: Interferon-inducible protein AIM2
D: Interferon-inducible protein AIM2
E: Interferon-inducible protein AIM2
F: Interferon-inducible protein AIM2
G: Interferon-inducible protein AIM2
H: Interferon-inducible protein AIM2
I: Interferon-inducible protein AIM2
J: Interferon-inducible protein AIM2
K: Interferon-inducible protein AIM2
L: Interferon-inducible protein AIM2
M: Interferon-inducible protein AIM2
N: Interferon-inducible protein AIM2
O: Interferon-inducible protein AIM2
a: Green fluorescent protein
b: Green fluorescent protein
c: Green fluorescent protein
d: Green fluorescent protein
e: Green fluorescent protein
f: Green fluorescent protein
g: Green fluorescent protein
h: Green fluorescent protein
i: Green fluorescent protein
j: Green fluorescent protein
k: Green fluorescent protein
l: Green fluorescent protein
m: Green fluorescent protein
n: Green fluorescent protein
o: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)551,46330
ポリマ－551,46330
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 15 / Rise per n subunits: 6 Å / Rotation per n subunits: 138.9 °)

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要素

#1: タンパク質
Interferon-inducible protein AIM2 / Absent in melanoma 2


分子量: 10839.629 Da / 分子数: 15 / 断片: PYD (UNP residues 1-93) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14862
#2: タンパク質
Green fluorescent protein


分子量: 25924.553 Da / 分子数: 15 / 断片: UNP residues 2-229 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: PYD of AIM2 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.8.2_1309 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 138.9 ° / 軸方向距離/サブユニット: 6 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54973 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化解像度: 5→150 Å / SU ML: 1.77 / σ(F): 0.76 / 位相誤差: 64.53 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4227 2688 4.77 %
Rwork0.3574 --
obs0.3606 56399 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0111190
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9115045
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.174200
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0311785
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041920
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
5-5.09090.45931920.44272742ELECTRON MICROSCOPY100
5.0909-5.18880.43841080.43312955ELECTRON MICROSCOPY100
5.1888-5.29480.48111200.45152820ELECTRON MICROSCOPY100
5.2948-5.40990.53052640.53132847ELECTRON MICROSCOPY100
5.4099-5.53570.56212040.51892476ELECTRON MICROSCOPY100
5.5357-5.67420.55871440.50382970ELECTRON MICROSCOPY100
5.6742-5.82760.5113960.51032790ELECTRON MICROSCOPY100
5.8276-5.99910.56111670.51762994ELECTRON MICROSCOPY100
5.9991-6.19270.5967840.49472752ELECTRON MICROSCOPY100
6.1927-6.41410.4892960.49252874ELECTRON MICROSCOPY100
6.4141-6.67090.59121340.50752938ELECTRON MICROSCOPY100
6.6709-6.97450.4672960.48522724ELECTRON MICROSCOPY100
6.9745-7.34220.5433720.49022988ELECTRON MICROSCOPY100
7.3422-7.80220.50111680.50242841ELECTRON MICROSCOPY100
7.8022-8.40450.53211320.42142796ELECTRON MICROSCOPY100
8.4045-9.25020.45531230.37712878ELECTRON MICROSCOPY100
9.2502-10.58840.34871650.34532821ELECTRON MICROSCOPY99
10.5884-13.3390.28411540.28952710ELECTRON MICROSCOPY99
13.339-150.06750.38091690.20282795ELECTRON MICROSCOPY98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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