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- PDB-6m04: Structure of the human homo-hexameric LRRC8D channel at 4.36 Angstroms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m04
タイトルStructure of the human homo-hexameric LRRC8D channel at 4.36 Angstroms
要素Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization / monoatomic ion channel complex / intracellular glucose homeostasis / plasma membrane => GO:0005886 ...Miscellaneous transport and binding events / volume-sensitive anion channel activity / taurine transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to osmotic stress / protein hexamerization / monoatomic ion channel complex / intracellular glucose homeostasis / plasma membrane => GO:0005886 / transmembrane transport / membrane => GO:0016020 / endoplasmic reticulum membrane / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.36 Å
データ登録者Nakamura, R. / Kasuya, G. / Yokoyama, T. / Shirouzu, M. / Ishitani, R. / Nureki, O.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)16H06294 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K23833 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the volume-regulated anion channel LRRC8D isoform identifies features important for substrate permeation.
著者: Ryoki Nakamura / Tomohiro Numata / Go Kasuya / Takeshi Yokoyama / Tomohiro Nishizawa / Tsukasa Kusakizako / Takafumi Kato / Tatsuya Hagino / Naoshi Dohmae / Masato Inoue / Kengo Watanabe / ...著者: Ryoki Nakamura / Tomohiro Numata / Go Kasuya / Takeshi Yokoyama / Tomohiro Nishizawa / Tsukasa Kusakizako / Takafumi Kato / Tatsuya Hagino / Naoshi Dohmae / Masato Inoue / Kengo Watanabe / Hidenori Ichijo / Masahide Kikkawa / Mikako Shirouzu / Thomas J Jentsch / Ryuichiro Ishitani / Yasunobu Okada / Osamu Nureki /
要旨: Members of the leucine-rich repeat-containing 8 (LRRC8) protein family, composed of the five LRRC8A-E isoforms, are pore-forming components of the volume-regulated anion channel (VRAC). LRRC8A and at ...Members of the leucine-rich repeat-containing 8 (LRRC8) protein family, composed of the five LRRC8A-E isoforms, are pore-forming components of the volume-regulated anion channel (VRAC). LRRC8A and at least one of the other LRRC8 isoforms assemble into heteromers to generate VRAC transport activities. Despite the availability of the LRRC8A structures, the structural basis of how LRRC8 isoforms other than LRRC8A contribute to the functional diversity of VRAC has remained elusive. Here, we present the structure of the human LRRC8D isoform, which enables the permeation of organic substrates through VRAC. The LRRC8D homo-hexamer structure displays a two-fold symmetric arrangement, and together with a structure-based electrophysiological analysis, revealed two key features. The pore constriction on the extracellular side is wider than that in the LRRC8A structures, which may explain the increased permeability of organic substrates. Furthermore, an N-terminal helix protrudes into the pore from the intracellular side and may be critical for gating.
履歴
登録2020年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30029
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D
B: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D
C: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D
D: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D
E: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D
F: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)595,8676
ポリマ－595,8676
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area28760 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area199580 Å2

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要素

#1: タンパク質
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8D / Leucine-rich repeat-containing protein 5 / Leucine-rich repeat-containing protein 8D


分子量: 99311.180 Da / 分子数: 6 / 変異: L810F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRC8D, LRRC5, UNQ213/PRO239 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GntI- / 参照: UniProt: Q7L1W4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hexameric channel of LRC8D_HUMAN / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S
緩衝液pH: 8
詳細: The solution was freshly prepared to avoid digitonin precipitation.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTrisC4H11NO31
2150 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMdithiothreitolC4H10O2S21
40.1 %digitoninC56H92O291
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotted for 4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
詳細: Specimen holder is FEI Talos Arctica autogrid holder.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 23500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最高温度: 79.55 K / 最低温度: 79.55 K
撮影平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 3397
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 247154 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00635438
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.25648030
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.26921438
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0655620
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0085960

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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