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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6klo | |||||||||
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タイトル | Complex structure of Iota toxin enzymatic component (Ia) and binding component (Ib) pore with short stem | |||||||||
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![]() | TOXIN / Bacterial binary toxin / Protein translocation channel | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Yoshida, T. / Yamada, T. / Kawamoto, A. / Mitsuoka, K. / Iwasaki, K. / Tsuge, H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures reveal translocational unfolding in the clostridial binary iota toxin complex. 著者: Tomohito Yamada / Toru Yoshida / Akihiro Kawamoto / Kaoru Mitsuoka / Kenji Iwasaki / Hideaki Tsuge / ![]() 要旨: The iota toxin produced by Clostridium perfringens type E is a binary toxin comprising two independent polypeptides: Ia, an ADP-ribosyltransferase, and Ib, which is involved in cell binding and ...The iota toxin produced by Clostridium perfringens type E is a binary toxin comprising two independent polypeptides: Ia, an ADP-ribosyltransferase, and Ib, which is involved in cell binding and translocation of Ia across the cell membrane. Here we report cryo-EM structures of the translocation channel Ib-pore and its complex with Ia. The high-resolution Ib-pore structure demonstrates a similar structural framework to that of the catalytic ϕ-clamp of the anthrax protective antigen pore. However, the Ia-bound Ib-pore structure shows a unique binding mode of Ia: one Ia binds to the Ib-pore, and the Ia amino-terminal domain forms multiple weak interactions with two additional Ib-pore constriction sites. Furthermore, Ib-binding induces tilting and partial unfolding of the Ia N-terminal α-helix, permitting its extension to the ϕ-clamp gate. This new mechanism of N-terminal unfolding is crucial for protein translocation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 535.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 427.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 795 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 814.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 80.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 123.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74378.820 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 48061.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex structure of Iota toxin enzymatic component (Ia) and binding component (Ib) pore with short stem タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.57 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.48 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 78.9 K / 最低温度: 78.9 K |
撮影 | 平均露光時間: 84.09 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2151 |
電子光学装置 | 球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.15.2_3472: phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 871264 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 135359 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 10 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3J9C Accession code: 3J9C / Source name: PDB / タイプ: experimental model |