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- PDB-6k33: Structure of PSI-isiA supercomplex from Thermosynechococcus vulcanus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k33
タイトルStructure of PSI-isiA supercomplex from Thermosynechococcus vulcanus
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 9
  • Iron stress in-duced protein A
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Electron Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 ...: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I protein PsaC ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Akita, F. / Nagao, R. / Kato, K. / Shen, J.R. / Miyazaki, N.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of a cyanobacterial photosystem I surrounded by octadecameric IsiA antenna proteins.
著者: Fusamichi Akita / Ryo Nagao / Koji Kato / Yoshiki Nakajima / Makio Yokono / Yoshifumi Ueno / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Jian-Ren Shen / Seiji Akimoto / Naoyuki Miyazaki /
要旨: Iron-stress induced protein A (IsiA) is a chlorophyll-binding membrane-spanning protein in photosynthetic prokaryote cyanobacteria, and is associated with photosystem I (PSI) trimer cores, but its ...Iron-stress induced protein A (IsiA) is a chlorophyll-binding membrane-spanning protein in photosynthetic prokaryote cyanobacteria, and is associated with photosystem I (PSI) trimer cores, but its structural and functional significance in light harvesting remains unclear. Here we report a 2.7-Å resolution cryo-electron microscopic structure of a supercomplex between PSI core trimer and IsiA from a thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus vulcanus. The structure showed that 18 IsiA subunits form a closed ring surrounding a PSI trimer core. Detailed arrangement of pigments within the supercomplex, as well as molecular interactions between PSI and IsiA and among IsiAs, were resolved. Time-resolved fluorescence spectra of the PSI-IsiA supercomplex showed clear excitation-energy transfer from IsiA to PSI, strongly indicating that IsiA functions as an energy donor, but not an energy quencher, in the supercomplex. These structural and spectroscopic findings provide important insights into the excitation-energy-transfer and subunit assembly mechanisms in the PSI-IsiA supercomplex.
履歴
登録2019年5月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9908
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
aA: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
aB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
aC: Photosystem I iron-sulfur center
aD: Photosystem I reaction center subunit II
aE: Photosystem I reaction center subunit IV
aF: Photosystem I reaction center subunit III
aI: Photosystem I reaction center subunit VIII
aJ: Photosystem I reaction center subunit IX
aK: Photosystem I reaction center subunit PsaK
aL: Photosystem I reaction center subunit XI
aM: Photosystem I reaction center subunit XII
aX: Photosystem I reaction center subunit psaX
a1: Iron stress in-duced protein A
a2: Iron stress in-duced protein A
a3: Iron stress in-duced protein A
a4: Iron stress in-duced protein A
a5: Iron stress in-duced protein A
a6: Iron stress in-duced protein A
bA: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
bB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
bC: Photosystem I iron-sulfur center
bD: Photosystem I reaction center subunit II
bE: Photosystem I reaction center subunit IV
bF: Photosystem I reaction center subunit III
bI: Photosystem I reaction center subunit VIII
bJ: Photosystem I reaction center subunit IX
bK: Photosystem I reaction center subunit PsaK
bL: Photosystem I reaction center subunit XI
bM: Photosystem I reaction center subunit XII
bX: Photosystem I reaction center subunit psaX
b1: Iron stress in-duced protein A
b2: Iron stress in-duced protein A
b3: Iron stress in-duced protein A
b4: Iron stress in-duced protein A
b5: Iron stress in-duced protein A
b6: Iron stress in-duced protein A
cA: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
cB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
cC: Photosystem I iron-sulfur center
cD: Photosystem I reaction center subunit II
cE: Photosystem I reaction center subunit IV
cF: Photosystem I reaction center subunit III
cI: Photosystem I reaction center subunit VIII
cJ: Photosystem I reaction center subunit IX
cK: Photosystem I reaction center subunit PsaK
cL: Photosystem I reaction center subunit XI
cM: Photosystem I reaction center subunit XII
cX: Photosystem I reaction center subunit psaX
c1: Iron stress in-duced protein A
c2: Iron stress in-duced protein A
c3: Iron stress in-duced protein A
c4: Iron stress in-duced protein A
c5: Iron stress in-duced protein A
c6: Iron stress in-duced protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,096,201813
ポリマ－1,479,20354
非ポリマー616,998759
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 6分子 aAbAcAaBbBcB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83283.773 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P25936, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 82992.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P0A409, photosystem I

-
タンパク質 , 2種, 21分子 aCbCcCa1a2a3a4a5a6b1b2b3b4b5b6c1c2c3c4c5c6

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8678.011 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P0A417, photosystem I
#13: タンパク質
Iron stress in-duced protein A


分子量: 39284.332 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 9種, 27分子 aDbDcDaEbEcEaFbFcFaIbIcIaJbJcJaKbKcKaLbLcLaMbMcMaXbXcX

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I 16 kDa polypeptide / PSI-D


分子量: 15258.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P0A422
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 8268.290 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III


分子量: 17716.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 4297.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4770.698 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK / Light-harvesting 6.5 kDa polypeptide / Photosystem I subunit X


分子量: 8668.153 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
参照: UniProt: P23318
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI


分子量: 16156.569 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII


分子量: 3426.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit psaX


分子量: 3845.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)

-
非ポリマー , 9種, 780分子

#14: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#15: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#16: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#17: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#18: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#19: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#20: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#21: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#22: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSI-isiA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#13 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.9 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPESHEPES1
20.04 %DDMDDM1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.13_2998モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 303983 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 1JB0

1jb0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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