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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5232 | |||||||||
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タイトル | Icosahedral P22 | |||||||||
マップデータ | icosahedral P22 | |||||||||
試料 |
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キーワード | icosahedral reconstruction / phage | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage P22 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Tang J / Lander G / Olia A / Li R / Casjens S / Prevelige P / Cingolani G / Baker TS / Johnson JE | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2011 タイトル: Peering down the barrel of a bacteriophage portal: the genome packaging and release valve in p22. 著者: Jinghua Tang / Gabriel C Lander / Adam S Olia / Rui Li / Sherwood Casjens / Peter Prevelige / Gino Cingolani / Timothy S Baker / John E Johnson / 要旨: The encapsidated genome in all double-strand DNA bacteriophages is packaged to liquid crystalline density through a unique vertex in the procapsid assembly intermediate, which has a portal protein ...The encapsidated genome in all double-strand DNA bacteriophages is packaged to liquid crystalline density through a unique vertex in the procapsid assembly intermediate, which has a portal protein dodecamer in place of five coat protein subunits. The portal orchestrates DNA packaging and exit, through a series of varying interactions with the scaffolding, terminase, and closure proteins. Here, we report an asymmetric cryoEM reconstruction of the entire P22 virion at 7.8 Å resolution. X-ray crystal structure models of the full-length portal and of the portal lacking 123 residues at the C terminus in complex with gene product 4 (Δ123portal-gp4) obtained by Olia et al. (2011) were fitted into this reconstruction. The interpreted density map revealed that the 150 Å, coiled-coil, barrel portion of the portal entraps the last DNA to be packaged and suggests a mechanism for head-full DNA signaling and transient stabilization of the genome during addition of closure proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5232.map.gz | 7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5232-v30.xml emd-5232.xml | 7.2 KB 7.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5232_1.jpg | 128.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5232 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5232 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5232_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5232_full_validation.pdf.gz | 76.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5232_validation.xml.gz | 498 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5232 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5232 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5232.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | icosahedral P22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : P22 virus
全体 | 名称: P22 virus |
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要素 |
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-超分子 #1000: P22 virus
超分子 | 名称: P22 virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Enterobacteria phage P22
超分子 | 名称: Enterobacteria phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: p22 / NCBI-ID: 10754 / 生物種: Enterobacteria phage P22 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: p22 |
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宿主 | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | デジタル化 - サンプリング間隔: 1.05 µm / 実像数: 2888 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |