+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jpf | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of atOSCA1.1 channel at 3.52A | ||||||||||||
要素 | Protein OSCA1 | ||||||||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / osca / TMEM63 / ion channel / mechanosensitive / membrane protein / osmosensing | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of calcium ion import / calcium-activated cation channel activity / cellular hyperosmotic response / response to osmotic stress / monoatomic cation channel activity / protein tetramerization / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chen, L. / Zhang, M. / Kang, Y. / Wu, J.X. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Structure of the mechanosensitive OSCA channels. 著者: Mingfeng Zhang / Dali Wang / Yunlu Kang / Jing-Xiang Wu / Fuqiang Yao / Chengfang Pan / Zhiqiang Yan / Chen Song / Lei Chen / 要旨: Mechanosensitive ion channels convert mechanical stimuli into a flow of ions. These channels are widely distributed from bacteria to higher plants and humans, and are involved in many crucial ...Mechanosensitive ion channels convert mechanical stimuli into a flow of ions. These channels are widely distributed from bacteria to higher plants and humans, and are involved in many crucial physiological processes. Here we show that two members of the OSCA protein family in Arabidopsis thaliana, namely AtOSCA1.1 and AtOSCA3.1, belong to a new class of mechanosensitive ion channels. We solve the structure of the AtOSCA1.1 channel at 3.5-Å resolution and AtOSCA3.1 at 4.8-Å resolution by cryo-electron microscopy. OSCA channels are symmetric dimers that are mediated by cytosolic inter-subunit interactions. Strikingly, they have structural similarity to the mammalian TMEM16 family proteins. Our structural analysis accompanied with electrophysiological studies identifies the ion permeation pathway within each subunit and suggests a conformational change model for activation. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jpf.cif.gz | 245.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6jpf.ent.gz | 196.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jpf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6jpf_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6jpf_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6jpf_validation.xml.gz | 45.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6jpf_validation.cif.gz | 66.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/6jpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/6jpf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 87697.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: OSCA1, At4g04340, T19B17.6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9XEA1 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: atOSCA1.1 channel in detergent / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115697 / 対称性のタイプ: POINT |