+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j5i | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the mammalian DP-state ATP synthase | ||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
![]() | ![]() | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Gu, J. / Zhang, L. / Yi, J. / Yang, M. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound with inhibitory protein IF1. 著者: Jinke Gu / Laixing Zhang / Shuai Zong / Runyu Guo / Tianya Liu / Jingbo Yi / Peiyi Wang / Wei Zhuo / Maojun Yang / ![]() 要旨: The mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces most of the ATP required by mammalian cells. We isolated porcine tetrameric ATP synthase and solved its structure at 6.2-angstrom ...The mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces most of the ATP required by mammalian cells. We isolated porcine tetrameric ATP synthase and solved its structure at 6.2-angstrom resolution using a single-particle cryo-electron microscopy method. Two classical V-shaped ATP synthase dimers lie antiparallel to each other to form an H-shaped ATP synthase tetramer, as viewed from the matrix. ATP synthase inhibitory factor subunit 1 (IF1) is a well-known in vivo inhibitor of mammalian ATP synthase at low pH. Two IF1 dimers link two ATP synthase dimers, which is consistent with the ATP synthase tetramer adopting an inhibited state. Within the tetramer, we refined structures of intact ATP synthase in two different rotational conformations at 3.34- and 3.45-Å resolution. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 844.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 689.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0677MC ![]() 0667C ![]() 0668C ![]() 0669C ![]() 0670C ![]() 6j54C ![]() 6j5aC ![]() 6j5jC ![]() 6j5kC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 141.3 Data #1: Averaged micrographs of mammalian ATP synthase tetramer [micrographs - single frame]) |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-ATP synthase ... , 15種, 19分子 ABCDEFGHISbdefgi8au
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 55171.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | ![]() 分子量: 51615.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | ![]() 分子量: 30121.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質 | | ![]() 分子量: 13852.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #6: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 5371.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #7: タンパク質 | | ![]() 分子量: 20561.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #8: タンパク質 | | 分子量: 24002.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #10: タンパク質 | | ![]() 分子量: 16904.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #11: タンパク質 | | ![]() 分子量: 5379.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #12: タンパク質 | | ![]() 分子量: 10197.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #13: タンパク質 | | ![]() 分子量: 7166.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #14: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 4861.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #16: タンパク質 | | ![]() 分子量: 7954.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #17: タンパク質 | | ![]() 分子量: 25054.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() #19: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3592.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
---|
-タンパク質 , 3種, 10分子 JcKLMNOPQR
#3: タンパク質 | 分子量: 9500.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#9: タンパク質 | 分子量: 8245.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 7311.631 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 k
#15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 3種, 10分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#20: 化合物 | ![]() #21: 化合物 | ChemComp-MG / #22: 化合物 | ![]() |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|---|
配列の詳細 | The sequence of the chain e corresponds to Q03654 in the UniProt database. The sequence of the ...The sequence of the chain e corresponds to Q03654 in the UniProt database. The sequence of the chain g corresponds to A0A480XS10 in the UniProt database. The sequence of the chain u corresponds to F1S9V7 in the UniProt database. However, there are UNK (unknown residues) in these chains, as the authors do not know how the coordinates align with the sequence. Therefore the residue numbers are meaningless. As for k cahin, the authors do not know the reference sequence in the UniProt database. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of the mammalian DP-state ATP synthase タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#19 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 1.56 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
CTF補正![]() | タイプ: NONE |
---|---|
3次元再構成![]() | 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 291128 / 対称性のタイプ: POINT |