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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6itc | |||||||||
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タイトル | Structure of a substrate engaged SecA-SecY protein translocation machine | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / SecA / SecY / Translocation / Cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 outer membrane protein complex / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / monoatomic ion transmembrane transporter activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / detection of virus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / outer membrane ...outer membrane protein complex / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / monoatomic ion transmembrane transporter activity / protein-secreting ATPase / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / detection of virus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / outer membrane / protein import / signal sequence binding / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / protein secretion / protein targeting / monoatomic ion transport / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / symbiont entry into host cell / membrane raft / DNA damage response / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) Geobacillus thermodenitrificans (バクテリア) Lama glama (ラマ) Escherichia coli (大腸菌) Aequorea victoria (オワンクラゲ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Ma, C.Y. / Wu, X.F. / Sun, D.J. / Park, E.Y. / Rapoport, T.A. / Gao, N. / Long, L. | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structure of the substrate-engaged SecA-SecY protein translocation machine. 著者: Chengying Ma / Xiaofei Wu / Dongjie Sun / Eunyong Park / Marco A Catipovic / Tom A Rapoport / Ning Gao / Long Li / 要旨: The Sec61/SecY channel allows the translocation of many proteins across the eukaryotic endoplasmic reticulum membrane or the prokaryotic plasma membrane. In bacteria, most secretory proteins are ...The Sec61/SecY channel allows the translocation of many proteins across the eukaryotic endoplasmic reticulum membrane or the prokaryotic plasma membrane. In bacteria, most secretory proteins are transported post-translationally through the SecY channel by the SecA ATPase. How a polypeptide is moved through the SecA-SecY complex is poorly understood, as structural information is lacking. Here, we report an electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of a translocating SecA-SecY complex in a lipid environment. The translocating polypeptide chain can be traced through both SecA and SecY. In the captured transition state of ATP hydrolysis, SecA's two-helix finger is close to the polypeptide, while SecA's clamp interacts with the polypeptide in a sequence-independent manner by inducing a short β-strand. Taking into account previous biochemical and biophysical data, our structure is consistent with a model in which the two-helix finger and clamp cooperate during the ATPase cycle to move a polypeptide through the channel. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6itc.cif.gz | 321.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6itc.ent.gz | 253.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6itc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6itc_validation.pdf.gz | 970.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6itc_full_validation.pdf.gz | 998.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6itc_validation.xml.gz | 53.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6itc_validation.cif.gz | 80.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6itc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/6itc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Protein translocase subunit ... , 3種, 3分子 AYE
#1: タンパク質 | 分子量: 88916.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: secA, div+, BSU35300 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 株 (発現宿主): #1/H766 / 参照: UniProt: P28366 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 46768.301 Da / 分子数: 1 / Mutation: G60C,Q202T,L210G,F211G,R213N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2) (バクテリア) 株: NG80-2 / 遺伝子: secY, GTNG_0125 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A4IJK8 |
#3: タンパク質 | 分子量: 8249.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus thermodenitrificans (strain NG80-2) (バクテリア) 株: NG80-2 / 遺伝子: secE, GTNG_0091 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4IJH4 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 BG
#5: タンパク質 | 分子量: 6024.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A910*PLUS |
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#6: タンパク質 | 分子量: 26813.113 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q80R,F99S,M153T,V163A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 |
-抗体 , 2種, 2分子 VC
#4: 抗体 | 分子量: 12919.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#7: 抗体 | 分子量: 12368.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 4種, 5分子
#8: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#9: 化合物 | ChemComp-BEF / |
#10: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#11: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SecA-SecY complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130153 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |