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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ig9 | ||||||
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タイトル | Tra1 subunit from Saccharomyces cerevisiae SAGA complex | ||||||
![]() | Transcription-associated protein 1 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Epigenetics / Acetyltransferase / Co-activator | ||||||
機能・相同性 | ![]() SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / Ub-specific processing proteases / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||
![]() | Zheng, X.D. / Liu, G.C. / Guan, H.P. / Li, H.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Architecture of SAGA complex. 著者: Gaochao Liu / Xiangdong Zheng / Haipeng Guan / Yong Cao / Hongyuan Qu / Junqing Kang / Xiangle Ren / Jianlin Lei / Meng-Qiu Dong / Xueming Li / Haitao Li / ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 492.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 333.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 930.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 949.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 81.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 134.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 433677.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Tra1 / ScTra1 / タイプ: COMPLEX 詳細: One of the major part from SAGA (Spt-Ada-Gcn5-Acetyltransferase) complex Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||
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分子量 | 値: 1.8 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 8.5 / 詳細: 20mM HEPES pH 8.5 150mM Nacl | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: We extracted it from the overall SAGA complex structure. | ||||||||||||
試料支持 | 詳細: The grid was coated with a home-made thin continuous carbon film. グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 281 K 詳細: Blot for 4 seconds and wait for 30 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 倍率(補正後): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 0.1 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 5.6 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 8526 |
電子光学装置 | 球面収差補正装置: With a Cs-corrector |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 3-30 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3290: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: GPU accelerated / タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1350000 / 詳細: GPU accelerated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 176464 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: GPU accelerated / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5OJS Accession code: 5OJS / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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