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- PDB-6gyp: Cryo-EM structure of the CBF3-core-Ndc10-DBD complex of the buddi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gyp
タイトルCryo-EM structure of the CBF3-core-Ndc10-DBD complex of the budding yeast kinetochore
要素
  • (Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit ...) x 4
  • Suppressor of kinetochore protein 1
キーワードCELL CYCLE / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / mitotic spindle elongation / centromeric DNA binding ...RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / septin ring assembly / mitotic spindle elongation / centromeric DNA binding / regulation of exit from mitosis / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / vacuolar acidification / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of metabolic process / protein neddylation / mitochondrial fusion / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / spindle pole body / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA binding, bending / exit from mitosis / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Orc1 removal from chromatin / DNA replication origin binding / cullin family protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / regulation of protein-containing complex assembly / subtelomeric heterochromatin formation / endomembrane system / spindle midzone / negative regulation of cytoplasmic translation / regulation of mitotic cell cycle / chromosome segregation / kinetochore / spindle / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic cell cycle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / chromosome, telomeric region / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / : / Ndc10 N-terminal domain / Transcription activator GCR1-like domain / Ndc10, domain 2 / Ndc10, domain 2 superfamily / Transcriptional activator of glycolytic enzymes / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / : ...Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / : / Ndc10 N-terminal domain / Transcription activator GCR1-like domain / Ndc10, domain 2 / Ndc10, domain 2 superfamily / Transcriptional activator of glycolytic enzymes / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit, domain 2 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / : / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / hpI Integrase; Chain A / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Integrase/recombinase, N-terminal / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / ASPARAGINE / GLUTAMINE / METHIONINE / PHENYLALANINE / THREONINE / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Suppressor of kinetochore protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Yan, K. / Zhang, Z. / Yang, J. / McLaughlin, S.H. / Barford, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MRC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Architecture of the CBF3-centromere complex of the budding yeast kinetochore.
著者: Kaige Yan / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / David Barford /
要旨: Kinetochores are multicomponent complexes responsible for coordinating the attachment of centromeric DNA to mitotic-spindle microtubules. The point centromeres of budding yeast are organized into ...Kinetochores are multicomponent complexes responsible for coordinating the attachment of centromeric DNA to mitotic-spindle microtubules. The point centromeres of budding yeast are organized into three centromeric determining elements (CDEs), and are associated with the centromere-specific nucleosome Cse4. Deposition of Cse4 at CEN loci is dependent on the CBF3 complex that engages CDEIII to direct Cse4 nucleosomes to CDEII. To understand how CBF3 recognizes CDEIII and positions Cse4, we determined a cryo-EM structure of a CBF3-CEN complex. CBF3 interacts with CEN DNA as a head-to-head dimer that includes the whole of CDEIII and immediate 3' regions. Specific CEN-binding of CBF3 is mediated by a Cep3 subunit of one of the CBF3 protomers that forms major groove interactions with the conserved and essential CCG and TGT motifs of CDEIII. We propose a model for a CBF3-Cse4-CEN complex with implications for understanding CBF3-directed deposition of the Cse4 nucleosome at CEN loci.
履歴
登録2018年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
A: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C
C: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
D: Suppressor of kinetochore protein 1
E: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,68812
ポリマ－328,6825
非ポリマー1,0067
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18560 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area89900 Å2
手法PISA

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要素

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Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit ... , 4種, 4分子 BACE

#1: タンパク質 Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Centromere protein 3


分子量: 71439.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: CEP3, CBF3, CBF3B, CSL1, YMR168C, YM8520.17C / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P40969
#2: タンパク質 Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit C / Chromosome transmission fidelity protein 13 / Kinetochore protein CTF13


分子量: 56416.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: CTF13, CBF3C, YMR094W, YM6543.01, YM9582.19 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P35203
#3: タンパク質 Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Centromere protein 3


分子量: 66401.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: CEP3, CBF3, CBF3B, CSL1, YMR168C, YM8520.17C / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P40969
#5: タンパク質 Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit A / Centromere-binding factor 2 / Chromosome transmission fidelity protein 14 / Kinetochore protein CTF14


分子量: 112066.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: CBF2, CBF3A, CEP2, CTF14, NDC10, YGR140W / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P32504

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タンパク質 , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質 Suppressor of kinetochore protein 1 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit D / E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit SKP1


分子量: 22357.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SKP1, CBF3D, YDR328C, D9798.14 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P52286

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非ポリマー , 6種, 7分子

#6: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#7: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#8: 化合物 ChemComp-ASN / ASPARAGINE / アスパラギン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8N2O3
#9: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#10: 化合物 ChemComp-THR / THREONINE / トレオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
#11: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CBF3-core-Ndc10-DBD complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 27 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73894 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005918248
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.895224717
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05422720
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00693128
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.808510951

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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