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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gni | ||||||
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タイトル | Cryo-tomography and subtomogram averaging of Sar1-Sec23-Sec24 - fitted model. | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / COPII coat / membrane trafficking | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat ...Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / membrane organization / signal sequence binding / mitochondrial fission / mitochondrial membrane organization / reticulophagy / fungal-type vacuole membrane / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / GTPase activator activity / SNARE binding / macroautophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / intracellular protein transport / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hutchings, J. / Zanetti, G. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Subtomogram averaging of COPII assemblies reveals how coat organization dictates membrane shape. 著者: Joshua Hutchings / Viktoriya Stancheva / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti / 要旨: Eukaryotic cells employ membrane-bound carriers to transport cargo between compartments in a process essential to cell functionality. Carriers are generated by coat complexes that couple cargo ...Eukaryotic cells employ membrane-bound carriers to transport cargo between compartments in a process essential to cell functionality. Carriers are generated by coat complexes that couple cargo capture to membrane deformation. The COPII coat mediates export from the endoplasmic reticulum by assembling in inner and outer layers, yielding carriers of variable shape and size that allow secretion of thousands of diverse cargo. Despite detailed understanding of COPII subunits, the molecular mechanisms of coat assembly and membrane deformation are unclear. Here we present a 4.9 Å cryo-tomography subtomogram averaging structure of in vitro-reconstituted membrane-bound inner coat. We show that the outer coat (Sec13-Sec31) bridges inner coat subunits (Sar1-Sec23-Sec24), promoting their assembly into a tight lattice. We directly visualize the membrane-embedded Sar1 amphipathic helix, revealing that lattice formation induces parallel helix insertions, yielding tubular curvature. We propose that regulators like the procollagen receptor TANGO1 modulate this mechanism to determine vesicle shape and size. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gni.cif.gz | 334.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gni.ent.gz | 261.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/6gni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/6gni | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Protein transport protein ... , 2種, 2分子 AE
#1: タンパク質 | 分子量: 85332.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SEC23, YPR181C, P9705.14 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P15303 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 89294.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SEC24, ANU1, YIL109C 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P40482 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 B
#3: タンパク質 | 分子量: 18792.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 遺伝子: SAR1, YPL218W 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P20606, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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-非ポリマー , 3種, 4分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GNP / | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: COPII coat assembled on lipid bilayer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 3.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 83 / Num. of volumes extracted: 400000 | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |