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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f2s | ||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Ageratum Yellow Vein virus (AYVV) | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / AYVV / geminivirus / ssDNA / gemini | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Ageratum yellow vein virus (ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Hesketh, E.L. / Saunders, K. / Fisher, C. / Potze, J. / Stanley, J. / Lomonossoff, G.P. / Ranson, N.A. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: The 3.3 Å structure of a plant geminivirus using cryo-EM. 著者: Emma L Hesketh / Keith Saunders / Chloe Fisher / Joran Potze / John Stanley / George P Lomonossoff / Neil A Ranson / 要旨: Geminiviruses are major plant pathogens that threaten food security globally. They have a unique architecture built from two incomplete icosahedral particles, fused to form a geminate capsid. ...Geminiviruses are major plant pathogens that threaten food security globally. They have a unique architecture built from two incomplete icosahedral particles, fused to form a geminate capsid. However, despite their importance to agricultural economies and fundamental biological interest, the details of how this is realized in 3D remain unknown. Here we report the structure of Ageratum yellow vein virus at 3.3 Å resolution, using single-particle cryo-electron microscopy, together with an atomic model that shows that the N-terminus of the single capsid protein (CP) adopts three different conformations essential for building the interface between geminate halves. Our map also contains density for ~7 bases of single-stranded DNA bound to each CP, and we show that the interactions between the genome and CPs are different at the interface than in the rest of the capsid. With additional mutagenesis data, this suggests a central role for DNA binding-induced conformational change in directing the assembly of geminate capsids. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f2s.cif.gz | 469 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f2s.ent.gz | 384.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f2s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6f2s_validation.pdf.gz | 909.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6f2s_full_validation.pdf.gz | 914.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6f2s_validation.xml.gz | 67.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6f2s_validation.cif.gz | 102.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/6f2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/6f2s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 10
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: D5 (2回x5回 2面回転対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22500.703 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ageratum yellow vein virus (ウイルス) 遺伝子: V1 / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: W5RUR4 #2: DNA鎖 | 分子量: 2051.390 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ageratum yellow vein virus (ウイルス) 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) #3: タンパク質 | | 分子量: 23644.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ageratum yellow vein virus (ウイルス) 遺伝子: V1 / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: W5RUR4 #4: タンパク質 | | 分子量: 25664.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ageratum yellow vein virus (ウイルス) 遺伝子: V1 / 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: W5RUR4 #5: DNA鎖 | | 分子量: 1762.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ageratum yellow vein virus (ウイルス) 発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ageratum yellow vein virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.251 MDa |
由来(天然) | 生物種: Ageratum yellow vein virus (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Ageratum |
緩衝液 | pH: 7 |
緩衝液成分 | 濃度: 100 mM / 名称: Sodium phosphate / 式: NaPo4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: PELCO easiglow / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 5000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 78 K / 最低温度: 78 K |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 110 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12028 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0107 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 116240 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64932 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.3→477.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8 / SU B: 20.039 / SU ML: 0.273 / ESU R: 0.061 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 97.466 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 19170 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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