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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6djy | |||||||||
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タイトル | Fako virus | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / capsid / virion / Reoviridae / T=2 | |||||||||
機能・相同性 | Major capsid protein / Turret protein / Clamp protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Fako virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Kaelber, J.T. / Jiang, W. / Weaver, S.C. / Auguste, A.J. / Chiu, W. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Arrangement of the Polymerase Complexes inside a Nine-Segmented dsRNA Virus. 著者: Jason T Kaelber / Wen Jiang / Scott C Weaver / Albert J Auguste / Wah Chiu / 要旨: Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle ...Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle reconstruction encounters difficulties resolving structures such as the intraparticle polymerase complex because refinement can converge to an incorrect map and because the map could depict a nonrepresentative subset of particles or an average of heterogeneous particles. Using the nine-segmented Fako virus, we tested hypotheses for the arrangement and number of polymerase complexes within the virion by measuring how well each hypothesis describes the set of cryoelectron microscopy images of individual viral particles. We find that the polymerase complex in Fako virus binds at ten possible sites despite having only nine genome segments. A single asymmetric configuration describes the arrangement of these complexes in both virions and genome-free capsids. Similarities between the arrangements of Reoviridae with 9, 10, and 11 segments indicate the generalizability of this architecture. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6djy.cif.gz | 630.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6djy.ent.gz | 506.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6djy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6djy_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6djy_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6djy_validation.xml.gz | 112.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6djy_validation.cif.gz | 168.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/6djy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/6djy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
2 |
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3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39589.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77 / 参照: UniProt: A0A0A0UEE5 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 136689.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77 / 参照: UniProt: A0A0A0U7Z7 #3: タンパク質 | | 分子量: 121232.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77 / 参照: UniProt: A0A0A0U955 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Fako virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 43 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77 | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Culicinae | ||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 三角数 (T数): 2 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 実像数: 2400 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3366: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 10588 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5294 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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