+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d6q | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | HYDROLASE / RNA exosome / RNA degradation / ribonuclease / helicase / SF2 / RNA-protein complex / translocase / nuclear | |||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome ...DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / snRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / TRAMP complex / nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / U1 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / U5 snRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / RNA exonuclease activity / cytoplasmic exosome (RNase complex) / exosome (RNase complex) / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / histone mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / positive regulation of isotype switching / rRNA catabolic process / 7S RNA binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / isotype switching / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / telomerase RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / nuclear chromosome / maturation of 5.8S rRNA / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / RNA processing / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small-subunit processome / euchromatin / fibrillar center / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / chromosome / ribosomal small subunit biogenesis / positive regulation of cell growth / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase / nuclear speck / immune response / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / nucleotide binding / DNA damage response / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | |||||||||
![]() | Weick, E.-M. / Lima, C.D. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Helicase-Dependent RNA Decay Illuminated by a Cryo-EM Structure of a Human Nuclear RNA Exosome-MTR4 Complex. 著者: Eva-Maria Weick / M Rhyan Puno / Kurt Januszyk / John C Zinder / Michael A DiMattia / Christopher D Lima / ![]() 要旨: The ribonucleolytic RNA exosome interacts with RNA helicases to degrade RNA. To understand how the 3' to 5' Mtr4 helicase engages RNA and the nuclear exosome, we reconstituted 14-subunit Mtr4- ...The ribonucleolytic RNA exosome interacts with RNA helicases to degrade RNA. To understand how the 3' to 5' Mtr4 helicase engages RNA and the nuclear exosome, we reconstituted 14-subunit Mtr4-containing RNA exosomes from Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, and human and show that they unwind structured substrates to promote degradation. We loaded a human exosome with an optimized DNA-RNA chimera that stalls MTR4 during unwinding and determined its structure to an overall resolution of 3.45 Å by cryoelectron microscopy (cryo-EM). The structure reveals an RNA-engaged helicase atop the non-catalytic core, with RNA captured within the central channel and DIS3 exoribonuclease active site. MPP6 tethers MTR4 to the exosome through contacts to the RecA domains of MTR4. EXOSC10 remains bound to the core, but its catalytic module and cofactor C1D are displaced by RNA-engaged MTR4. Competition for the exosome core may ensure that RNA is committed to degradation by DIS3 when engaged by MTR4. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 752.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 579.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 989.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 111 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 174.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7808MC ![]() 7809C ![]() 7810C ![]() 7812C ![]() 7813C ![]() 7814C ![]() 7815C ![]() 7818C ![]() 7819C ![]() 6d6rC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-Exosome complex component ... , 9種, 9分子 ABCDEFGHI
#1: タンパク質 | 分子量: 52828.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 26831.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 30285.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 25480.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 32072.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 28267.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 29796.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 33184.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 21690.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 4種, 4分子 JKLM
#10: タンパク質 | 分子量: 86754.859 Da / 分子数: 1 / Mutation: D313N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q01780, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ |
---|---|
#11: タンパク質 | 分子量: 109267.930 Da / 分子数: 1 / Mutation: D146N, D487N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Y2L1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q9Y2L1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ |
#12: タンパク質 | 分子量: 19267.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 118224.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-RNA鎖 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 2分子 NO
#14: RNA鎖 | 分子量: 5143.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|---|
#15: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 19487.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 3分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ANP.gif)
#16: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|---|
#17: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#18: 化合物 | ChemComp-ANP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DNA/RNA substrate タイプ: COMPLEX 詳細: Human C1D/Rrp47 also in the sample, but was not observed in density Entity ID: #1-#15 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.69 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample was monodisperse upon elution from gel filtration prior to vitrification. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 30 sec wait time, 2.5 sec blot time |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 85.23 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1439 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 278185 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122703 詳細: Focused refinements with five strategies required to achieve final model クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 73.6 / プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient 詳細: Models were rebuilt manually using Coot, with real space refinement with local scaling followed by Phenix real space refinement with suboptimal global scaling. |