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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cxc | ||||||
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タイトル | 3.9A Cryo-EM structure of murine antibody bound at a novel epitope of respiratory syncytial virus fusion protein | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / respiratory syncytial virus fusion protein / murine antibody / novel epitope / complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...positive regulation of syncytium formation by virus / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / host cell Golgi membrane / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Human respiratory syncytial virus A (ウイルス) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, Q. / Wang, Z. / Chen, X. / Ni, F. / Ma, J. / Wang, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS One / 年: 2019 タイトル: Structure basis of neutralization by a novel site II/IV antibody against respiratory syncytial virus fusion protein. 著者: Qingqing Xie / Zhao Wang / Fengyun Ni / Xiaorui Chen / Jianpeng Ma / Nita Patel / Hanxin Lu / Ye Liu / Jing-Hui Tian / David Flyer / Michael J Massare / Larry Ellingsworth / Gregory Glenn / ...著者: Qingqing Xie / Zhao Wang / Fengyun Ni / Xiaorui Chen / Jianpeng Ma / Nita Patel / Hanxin Lu / Ye Liu / Jing-Hui Tian / David Flyer / Michael J Massare / Larry Ellingsworth / Gregory Glenn / Gale Smith / Qinghua Wang / 要旨: Globally, human respiratory syncytial virus (RSV) is a leading cause of lower respiratory tract infections in newborns, young children, and the elderly for which there is no vaccine. The RSV fusion ...Globally, human respiratory syncytial virus (RSV) is a leading cause of lower respiratory tract infections in newborns, young children, and the elderly for which there is no vaccine. The RSV fusion (F) glycoprotein is a major target for vaccine development. Here, we describe a novel monoclonal antibody (designated as R4.C6) that recognizes both pre-fusion and post-fusion RSV F, and binds with nanomole affinity to a unique neutralizing site comprised of antigenic sites II and IV on the globular head. A 3.9 Å-resolution structure of RSV F-R4.C6 Fab complex was obtained by single particle cryo-electron microscopy and 3D reconstruction. The structure unraveled detailed interactions of R4.C6 with antigenic site II on one protomer and site IV on a neighboring protomer of post-fusion RSV F protein. These findings significantly further our understanding of the antigenic complexity of the F protein and provide new insights into RSV vaccine design. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cxc.cif.gz | 366.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6cxc.ent.gz | 287.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cxc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6cxc_validation.pdf.gz | 987 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6cxc_full_validation.pdf.gz | 1010.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6cxc_validation.xml.gz | 61.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6cxc_validation.cif.gz | 90.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/6cxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/6cxc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 12831.376 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 13457.151 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #3: タンパク質 | 分子量: 60728.047 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (ウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: A2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P03420, UniProt: M1E1E4 #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 543639 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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