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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bq1 | ||||||
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タイトル | Human PI4KIIIa lipid kinase complex | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/Signaling Protein / kinase / phosphoinositide synthesis / Transferase-Signaling Protein complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Synthesis of PIPs at the ER membrane / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / viral replication complex formation and maintenance / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / Golgi-associated vesicle membrane / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphatidylinositol-mediated signaling ...: / Synthesis of PIPs at the ER membrane / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / viral replication complex formation and maintenance / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol kinase activity / Golgi-associated vesicle membrane / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / myelination / phosphorylation / protein localization to plasma membrane / kinase activity / neuron projection / cadherin binding / viral RNA genome replication / focal adhesion / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Lees, J.A. / Zhang, Y. / Oh, M. / Schauder, C.M. / Yu, X. / Baskin, J. / Dobbs, K. / Notarangelo, L.D. / Camilli, P.D. / Walz, T. / Reinisch, K.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017 タイトル: Architecture of the human PI4KIIIα lipid kinase complex. 著者: Joshua A Lees / Yixiao Zhang / Michael S Oh / Curtis M Schauder / Xiaoling Yu / Jeremy M Baskin / Kerry Dobbs / Luigi D Notarangelo / Pietro De Camilli / Thomas Walz / Karin M Reinisch / 要旨: Plasma membrane (PM) phosphoinositides play essential roles in cell physiology, serving as both markers of membrane identity and signaling molecules central to the cell's interaction with its ...Plasma membrane (PM) phosphoinositides play essential roles in cell physiology, serving as both markers of membrane identity and signaling molecules central to the cell's interaction with its environment. The first step in PM phosphoinositide synthesis is the conversion of phosphatidylinositol (PI) to PI4P, the precursor of PI(4,5)P and PI(3,4,5)P This conversion is catalyzed by the PI4KIIIα complex, comprising a lipid kinase, PI4KIIIα, and two regulatory subunits, TTC7 and FAM126. We here report the structure of this complex at 3.6-Å resolution, determined by cryo-electron microscopy. The proteins form an obligate ∼700-kDa superassembly with a broad surface suitable for membrane interaction, toward which the kinase active sites are oriented. The structural complexity of the assembly highlights PI4P synthesis as a major regulatory junction in PM phosphoinositide homeostasis. Our studies provide a framework for further exploring the mechanisms underlying PM phosphoinositide regulation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6bq1.cif.gz | 821.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6bq1.ent.gz | 649.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6bq1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/6bq1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 173821.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PI4KA, PIK4, PIK4CA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42356, 1-phosphatidylinositol 4-kinase | ||||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 96460.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTC7B, TTC7L1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86TV6 #3: タンパク質 | 分子量: 32688.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM126A, DRCTNNB1A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYI3 #4: タンパク質 | | 分子量: 173906.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PI4KA, PIK4, PIK4CA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42356, 1-phosphatidylinositol 4-kinase #5: 化合物 | 構成要素の詳細 | The sequence or connectivity could be assigned to the N-terminal residues of Entity-1 (PI4KA). They ...The sequence or connectivity could be assigned to the N-terminal residues of Entity-1 (PI4KA). They have been modeled as UNK residues | 配列の詳細 | The actual sequence of the N-terminal region modeled as UNK is: ...The actual sequence of the N-terminal region modeled as UNK is: MDYKDHDGDY | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human phosphatidylinositol 4-kinase III alpha complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.7 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293F | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 倍率(補正後): 38461 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Calibrated defocus min: 1800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3280 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 508504 | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64104 / 対称性のタイプ: POINT |