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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b45 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / RNA / CRISPR-Cas / IMMUNE SYSTEM - RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Guo, T.W. / Bartesaghi, A. / Yang, H. / Falconieri, V. / Rao, P. / Merk, A. / Fox, T. / Earl, L. / Patel, D.J. / Subramaniam, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Structures Reveal Mechanism and Inhibition of DNA Targeting by a CRISPR-Cas Surveillance Complex. 著者: Tai Wei Guo / Alberto Bartesaghi / Hui Yang / Veronica Falconieri / Prashant Rao / Alan Merk / Edward T Eng / Ashleigh M Raczkowski / Tara Fox / Lesley A Earl / Dinshaw J Patel / Sriram Subramaniam / ![]() 要旨: Prokaryotic cells possess CRISPR-mediated adaptive immune systems that protect them from foreign genetic elements, such as invading viruses. A central element of this immune system is an RNA-guided ...Prokaryotic cells possess CRISPR-mediated adaptive immune systems that protect them from foreign genetic elements, such as invading viruses. A central element of this immune system is an RNA-guided surveillance complex capable of targeting non-self DNA or RNA for degradation in a sequence- and site-specific manner analogous to RNA interference. Although the complexes display considerable diversity in their composition and architecture, many basic mechanisms underlying target recognition and cleavage are highly conserved. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we show that the binding of target double-stranded DNA (dsDNA) to a type I-F CRISPR system yersinia (Csy) surveillance complex leads to large quaternary and tertiary structural changes in the complex that are likely necessary in the pathway leading to target dsDNA degradation by a trans-acting helicase-nuclease. Comparison of the structure of the surveillance complex before and after dsDNA binding, or in complex with three virally encoded anti-CRISPR suppressors that inhibit dsDNA binding, reveals mechanistic details underlying target recognition and inhibition. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 493.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 390.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7049MC ![]() 7048C ![]() 7050C ![]() 7051C ![]() 7052C ![]() 6anvC ![]() 6anwC ![]() 6b44C ![]() 6b46C ![]() 6b47C ![]() 6b48C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49338.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: csy1, PA14_33330 / プラスミド: pRSF-Duet-SUMO / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 36446.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: csy2, PA14_33320 / プラスミド: pRSF-Duet-SUMO / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 37781.547 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: csy3, csy1-3, PA14_33310 / プラスミド: pCDF-Duet / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 21629.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: cas6f, csy4, PA14_33300 / プラスミド: pACY-Duet / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q02MM2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #5: RNA鎖 | | 分子量: 19265.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.350 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.2 詳細: 10 mM HEPES, pH 7.2, 150 mM NaCl, 2nM MgCl2, 1 mM DTT |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 98 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15.2 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1784 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 38 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31488 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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