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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b2z | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the dimeric FO region of yeast mitochondrial ATP synthase | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Complex / Dimer / Mitochondrial inner membrane / Proton translocation | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport ...: / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / mitochondrial intermembrane space / protein-containing complex assembly / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Guo, H. / Rubinstein, J.L. | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Atomic model for the dimeric F region of mitochondrial ATP synthase. 著者: Hui Guo / Stephanie A Bueler / John L Rubinstein / 要旨: Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces the majority of ATP in eukaryotic cells, and its dimerization is necessary to create the inner membrane folds, or cristae, characteristic ...Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces the majority of ATP in eukaryotic cells, and its dimerization is necessary to create the inner membrane folds, or cristae, characteristic of mitochondria. Proton translocation through the membrane-embedded F region turns the rotor that drives ATP synthesis in the soluble F region. Although crystal structures of the F region have illustrated how this rotation leads to ATP synthesis, understanding how proton translocation produces the rotation has been impeded by the lack of an experimental atomic model for the F region. Using cryo-electron microscopy, we determined the structure of the dimeric F complex from at a resolution of 3.6 angstroms. The structure clarifies how the protons travel through the complex, how the complex dimerizes, and how the dimers bend the membrane to produce cristae. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b2z.cif.gz | 583 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b2z.ent.gz | 468.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6b2z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6b2z_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6b2z_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6b2z_validation.xml.gz | 66.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6b2z_validation.cif.gz | 110 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ATP synthase subunit ... , 9種, 36分子 1234567890CDEFGHIJKBaMbNdOePfQ...
#1: タンパク質 | 分子量: 7762.375 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P61829 #3: タンパク質 | 分子量: 27900.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00854 #4: タンパク質 | 分子量: 23194.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303-1A / 参照: UniProt: P05626 #5: タンパク質 | 分子量: 19709.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30902 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4188.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c #7: タンパク質 | 分子量: 10584.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06405 #8: タンパク質 | 分子量: 9039.134 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303-1A #9: タンパク質 | 分子量: 6696.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P81450 #10: タンパク質 | 分子量: 7546.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P81451 |
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-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 AL
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5825.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00856 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Yeast mitochondrial ATP synthase FO complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.4 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303-1A / 細胞内の位置: Inner membrane of mitochondria / Organelle: Mitochondria |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 26 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 47170 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 71 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3023 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 446259 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238848 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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