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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6aj7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The structure of Enterovirus D68 mature virion in complex with Fab 15C5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Enterovirus D68 / neutralizing antibody / Immune-complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral capsid / peptidase activity / host cell cytoplasm / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Enterovirus D68 (エンテロウイルス) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zheng, Q.B. / Zhu, R. / Xu, L.F. / He, M.Z. / Yan, X.D. / Cheng, T. / Li, S.W. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 11件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019 タイトル: Atomic structures of enterovirus D68 in complex with two monoclonal antibodies define distinct mechanisms of viral neutralization. 著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Longfa Xu / Maozhou He / Xiaodong Yan / Dongxiao Liu / Zhichao Yin / Yangtao Wu / Yongchao Li / Lisheng Yang / Wangheng Hou / Shuxuan Li / Zizhen Li / Zhenqin Chen ...著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Longfa Xu / Maozhou He / Xiaodong Yan / Dongxiao Liu / Zhichao Yin / Yangtao Wu / Yongchao Li / Lisheng Yang / Wangheng Hou / Shuxuan Li / Zizhen Li / Zhenqin Chen / Zhihai Li / Hai Yu / Ying Gu / Jun Zhang / Timothy S Baker / Z Hong Zhou / Barney S Graham / Tong Cheng / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: Enterovirus D68 (EV-D68) undergoes structural transformation between mature, cell-entry intermediate (A-particle) and empty forms throughout its life cycle. Structural information for the various ...Enterovirus D68 (EV-D68) undergoes structural transformation between mature, cell-entry intermediate (A-particle) and empty forms throughout its life cycle. Structural information for the various forms and antibody-bound capsids will facilitate the development of effective vaccines and therapeutics against EV-D68 infection, which causes childhood respiratory and paralytic diseases worldwide. Here, we report the structures of three EV-D68 capsid states representing the virus at major phases. We further describe two original monoclonal antibodies (15C5 and 11G1) with distinct structurally defined mechanisms for virus neutralization. 15C5 and 11G1 engage the capsid loci at icosahedral three-fold and five-fold axes, respectively. To block viral attachment, 15C5 binds three forms of capsids, and triggers mature virions to transform into A-particles, mimicking engagement by the functional receptor ICAM-5, whereas 11G1 exclusively recognizes the A-particle. Our data provide a structural and molecular explanation for the transition of picornavirus capsid conformations and demonstrate distinct mechanisms for antibody-mediated neutralization. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6aj7.cif.gz | 166.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6aj7.ent.gz | 134.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6aj7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6aj7_validation.pdf.gz | 888.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6aj7_full_validation.pdf.gz | 893 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6aj7_validation.xml.gz | 40.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6aj7_validation.cif.gz | 61.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6aj7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6aj7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9633MC 9629C 9631C 9632C 9634C 9635C 9636C 6aj0C 6aj2C 6aj3C 6aj9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
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| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 11656.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 13027.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: タンパク質 | 分子量: 32673.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 参照: UniProt: A0A097F8Q2 |
#4: タンパク質 | 分子量: 27567.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 参照: UniProt: A0A0A7X639, UniProt: A0A097F8Q2*PLUS |
#5: タンパク質 | 分子量: 27142.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 参照: UniProt: A0A097F8Q2*PLUS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Enterovirus D68 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 2 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58540 / 対称性のタイプ: POINT |