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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6agb | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of yeast Ribonuclease P | ||||||
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![]() | HYDROLASE/RNA / Ribonuclease P / RNA-protein complex / HYDROLASE-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease MRP activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / rRNA primary transcript binding ...ribonuclease MRP activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / ribonuclease P / ribonuclease P activity / rRNA primary transcript binding / tRNA 5'-leader removal / telomerase holoenzyme complex / tRNA processing / maturation of 5.8S rRNA / rRNA processing / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å | ||||||
![]() | Lan, P. / Tan, M. / Wu, J. / Lei, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insight into precursor tRNA processing by yeast ribonuclease P. 著者: Pengfei Lan / Ming Tan / Yuebin Zhang / Shuangshuang Niu / Juan Chen / Shaohua Shi / Shuwan Qiu / Xuejuan Wang / Xiangda Peng / Gang Cai / Hong Cheng / Jian Wu / Guohui Li / Ming Lei / ![]() 要旨: Ribonuclease P (RNase P) is a universal ribozyme responsible for processing the 5'-leader of pre-transfer RNA (pre-tRNA). Here, we report the 3.5-angstrom cryo-electron microscopy structures of ...Ribonuclease P (RNase P) is a universal ribozyme responsible for processing the 5'-leader of pre-transfer RNA (pre-tRNA). Here, we report the 3.5-angstrom cryo-electron microscopy structures of RNase P alone and in complex with pre-tRNA The protein components form a hook-shaped architecture that wraps around the RNA and stabilizes RNase P into a "measuring device" with two fixed anchors that recognize the L-shaped pre-tRNA. A universally conserved uridine nucleobase and phosphate backbone in the catalytic center together with the scissile phosphate and the O3' leaving group of pre-tRNA jointly coordinate two catalytic magnesium ions. Binding of pre-tRNA induces a conformational change in the catalytic center that is required for catalysis. Moreover, simulation analysis suggests a two-metal-ion S2 reaction pathway of pre-tRNA cleavage. These results not only reveal the architecture of yeast RNase P but also provide a molecular basis of how the 5'-leader of pre-tRNA is processed by eukaryotic RNase P. | ||||||
履歴 |
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PDB形式 | ![]() | 484.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 990.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1023.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 70 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 110.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Ribonuclease P ... , 2種, 2分子 AK
#1: RNA鎖 | 分子量: 118857.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: GenBank: 1163001456 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 16375.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40571, ribonuclease P |
-Ribonucleases P/MRP protein subunit ... , 5種, 5分子 BCFGH
#2: タンパク質 | 分子量: 100559.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41812, ribonuclease P |
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#3: タンパク質 | 分子量: 22643.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53833 |
#6: タンパク質 | 分子量: 18234.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53218, ribonuclease P |
#7: タンパク質 | 分子量: 15844.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38291, ribonuclease P |
#8: タンパク質 | 分子量: 15530.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38208, ribonuclease P |
-Ribonuclease P/MRP protein subunit ... , 2種, 3分子 EIJ
#5: タンパク質 | 分子量: 19601.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28005, ribonuclease P |
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#9: タンパク質 | 分子量: 32270.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38786, ribonuclease P |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 D![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#11: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#4: タンパク質 | 分子量: 32933.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38336 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: RNase P / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 164765 / 対称性のタイプ: POINT |