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万見
- PDB-6zsw: M2 mutant (R111K:Y134F:T54V:R132Q:P39Y:R59Y) of human cellular re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zsw
タイトルM2 mutant (R111K:Y134F:T54V:R132Q:P39Y:R59Y) of human cellular retinoic acid binding protein II - 6 conjugate
要素Cellular retinoic acid-binding protein 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / human cellular retinoic acid binding protein II / hCRABPII / conjigate / chromophore / M2
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport ...positive regulation of collateral sprouting / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / embryonic forelimb morphogenesis / retinoic acid metabolic process / retinol binding / Signaling by Retinoic Acid / epidermis development / fatty acid transport / cyclin binding / fatty acid binding / regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-QPB / Cellular retinoic acid-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Tassone, G. / Pozzi, C. / Mangani, S.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2022
タイトル: Xanthopsin-Like Systems via Site-Specific Click-Functionalization of a Retinoic Acid Binding Protein.
著者: Tassone, G. / Paolino, M. / Pozzi, C. / Reale, A. / Salvini, L. / Giorgi, G. / Orlandini, M. / Galvagni, F. / Mangani, S. / Yang, X. / Carlotti, B. / Ortica, F. / Latterini, L. / Olivucci, M. / Cappelli, A.
履歴
登録2020年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22022年1月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular retinoic acid-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2443
ポリマ－15,9921
非ポリマー2512
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area7650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.192, 58.192, 102.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Cellular retinoic acid-binding protein 2 / Cellular retinoic acid-binding protein II / CRABP-II


分子量: 15992.265 Da / 分子数: 1 / 変異: R111K, Y134F, T54V, R132Q, P39Y, R59Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRABP2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29373
#2: 化合物 ChemComp-QPB / methyl (~{Z})-3-(4-hydroxyphenyl)-2-methyl-prop-2-enoate


分子量: 192.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 7 and 20 % w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→45.2 Å / Num. obs: 12539 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 55.1 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.08→2.19 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1774 / CC1/2: 0.967 / Rpim(I) all: 0.191 / Rrim(I) all: 0.462 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YFP

4yfp


解像度: 2.08→45.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.879 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2282 648 5.2 %RANDOM
Rwork0.2067 ---
obs0.2079 11861 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98 Å2 / Biso mean: 61.509 Å2 / Biso min: 41.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2985 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.08→45.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1059 0 18 39 1116
Biso mean--88.61 67.25 -
残基数----138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0121094
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7631.6531483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1725137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.69724.28649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68915184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.719154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02823
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.134 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 54 -
Rwork0.304 839 -
all-893 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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