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- PDB-6zbm: Structure of the D125N mutant of the catalytic domain of the Baci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zbm
タイトルStructure of the D125N mutant of the catalytic domain of the Bacillus circulans alpha-1,6 Mannanase in complex with an alpha-1,6-alpha-manno-cyclophellitol carbasugar-stabilised trisaccharide inhibitor
要素Alpha-1,6-mannanase
キーワードHYDROLASE / ENDO-ALPHA-1 / 6-MANNANASE / EPOXIDE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 76 / Glycosyl hydrolase family 76 / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Six-hairpin glycosidase superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Chem-QE8 / Alpha-1,6-mannanase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus circulans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Davies, G.J. / Offen, W.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001162/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T004819/1 英国
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Development of Non-Hydrolysable Oligosaccharide Activity-Based Inactivators for Endoglycanases: A Case Study on alpha-1,6 Mannanases.
著者: Schroder, S.P. / Offen, W.A. / Males, A. / Jin, Y. / de Boer, C. / Enotarpi, J. / Marino, L. / van der Marel, G.A. / Florea, B.I. / Codee, J.D.C. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J.
履歴
登録2020年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.32021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,6-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5735
ポリマ－40,9301
非ポリマー6434
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.768, 66.121, 49.397
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1,6-mannanase


分子量: 40929.875 Da / 分子数: 1 / 変異: D125N, R341Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Catalytic domain of BcGH76 without signal peptide and with N-terminal His tag, and with mutations D125N and R341Q
由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / 遺伝子: aman6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z4P9
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-QE8 / (1~{R},2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-4-[[(1~{S},2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-2,3,4-tris(oxidanyl)cyclohexyl]oxymethyl]cyclohexane-1,2,3,5-tetrol


分子量: 338.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→66.12 Å / Num. obs: 47092 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2333 / CC1/2: 0.676 / Rpim(I) all: 0.631 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D4A.PDB

4d4a


解像度: 1.47→48.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.101 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY THERE ARE REGIONS OF UNMODELLED DENSITY NEAR THE SIDE CHAINS OF ASN206, HIS340 AND TYR360.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 2304 4.9 %RANDOM
Rwork0.1586 ---
obs0.1616 44764 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.29 Å2 / Biso mean: 13.884 Å2 / Biso min: 6.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å21.3 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----1.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→48.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2625 0 42 178 2845
Biso mean--13.69 23.68 -
残基数----330
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0172374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7221.6513838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6321.5995527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1565344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.85824.481154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35915421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.188157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02618
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.6235188
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.508 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.475 162 -
Rwork0.326 3284 -
all-3446 -
obs--99.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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