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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zam | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Fluorine labeled IPNS S55C in complex with Fe and ACV under anaerobic conditions. | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Isopenicillin N synthase | ||||||||||||||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / oxygen binding / XFEL / time-resolved crystallography | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. ...Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K. / Pharm, C. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Aller, P. / Butryn, A. / Linyard, J. / Lang, P. / Brem, J. / Fuller, F.D. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Pettinati, I. / Clifton, I.J. / Alonso-Mori, R. / Gul, S. / Young, I. / Kim, I. / Bhowmick, A. / ORiordan, L. / Brewster, A.S. / Claridge, T.D.W. / Sauter, N.K. / Yachandra, V. / Yano, J. / Kern, J.F. / Orville, A.M. / Schofield, C.J. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: X-ray free-electron laser studies reveal correlated motion during isopenicillin N synthase catalysis. 著者: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / ...著者: Rabe, P. / Kamps, J.J.A.G. / Sutherlin, K.D. / Linyard, J.D.S. / Aller, P. / Pham, C.C. / Makita, H. / Clifton, I. / McDonough, M.A. / Leissing, T.M. / Shutin, D. / Lang, P.A. / Butryn, A. / Brem, J. / Gul, S. / Fuller, F.D. / Kim, I.S. / Cheah, M.H. / Fransson, T. / Bhowmick, A. / Young, I.D. / O'Riordan, L. / Brewster, A.S. / Pettinati, I. / Doyle, M. / Joti, Y. / Owada, S. / Tono, K. / Batyuk, A. / Hunter, M.S. / Alonso-Mori, R. / Bergmann, U. / Owen, R.L. / Sauter, N.K. / Claridge, T.D.W. / Robinson, C.V. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Kern, J.F. / Orville, A.M. / Schofield, C.J. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6y0pC ![]() 6zaeC ![]() 6zafC ![]() 6zagC ![]() 6zahC ![]() 6zaiC ![]() 6zajC ![]() 6zalC ![]() 6zanC ![]() 6zaoC ![]() 6zapC ![]() 6zaqC ![]() 6zw8C ![]() 1blzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37579.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / プラスミド: pCOLD_IPNS / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 362分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/W6X.gif)
![](data/chem/img/W6Z.gif)
![](data/chem/img/ACV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/W6X.gif)
![](data/chem/img/W6Z.gif)
![](data/chem/img/ACV.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
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#3: 化合物 | ChemComp-FE / |
#4: 化合物 | ChemComp-W6X / |
#5: 化合物 | ChemComp-W6Z / |
#6: 化合物 | ChemComp-ACV / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 % / 解説: plate |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.7 M Li2SO4, 0.1 M TRIS pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月9日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→30.3 Å / Num. obs: 48642 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 21.6 / Num. measured all: 605815 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1BLZ 解像度: 1.55→27.18 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.63 Å2 / Biso mean: 21.1509 Å2 / Biso min: 9.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→27.18 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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