PDB-6z5k: PqsR (MvfR) in complex with antagonist 18

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6z5k

タイトル

PqsR (MvfR) in complex with antagonist 18

要素

Transcriptional regulator MvfR

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Pseudomonas aeruginosa / Antagonist / Quorum sensing

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.201 Å

データ登録者

Richardson, W.K. / Emsley, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Novel quinazolinone inhibitors of the Pseudomonas aeruginosa quorum sensing transcriptional regulator PqsR.
著者: Grossman, S. / Soukarieh, F. / Richardson, W. / Liu, R. / Mashabi, A. / Emsley, J. / Williams, P. / Camara, M. / Stocks, M.J.

履歴

登録	2020年5月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年4月7日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6z5k.cif.gz	94.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6z5k.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6z5k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6z5k_validation.pdf.gz	685.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6z5k_full_validation.pdf.gz	686 KB	表示
XML形式データ	6z5k_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	6z5k_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/6z5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/6z5k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yz3C 6z07C 6z17C 4jvcS 6q7wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yz3-1 4jvi-1 6z07-1 6q7w-1 6q7u-1 4jvd-1 6tpr-1 1vgf-d 4iqv-d 4a5p-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Transcriptional regulator MvfR

ヘテロ分子

27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Transcriptional regulator MvfR

ヘテロ分子

AAA: Transcriptional regulator MvfR

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Homo 2-mer - A2
54.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.911, 118.911, 115.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Transcriptional regulator MvfR 分子量: 26749.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: mvfR, PA14_51340 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2Z7A6
#2: 化合物	ChemComp-QAE / 6-chloranyl-3-[(2-pentyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-4-yl)methyl]quinazolin-4-one 分子量: 347.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₈ClN₃OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM Sodium citrate, 200 mM Ammonium acetate and 5% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→115.46 Å / Num. obs: 7628 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 3.2→3.42 Å / R_merge(I) obs: 0.398 / Num. unique obs: 1370 / CC_1/2: 0.972

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JVC, 6Q7W

4jvc

6q7w

解像度: 3.201→76.972 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 21.83 / SU ML: 0.345 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.045 / ESU R Free: 0.418 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2613	401	5.282 %
R_work	0.2035	7191	-
all	0.206	-	-
obs	-	7592	90.467 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 134.248 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.477 Å²	2.238 Å²	0 Å²
2-	-	4.477 Å²	0 Å²
3-	-	-	-14.523 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.201→76.972 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1598	0	23	2	1623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.236	1.636	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.067	1.568	3547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.651	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.781	21.304	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.685	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.028	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.038	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	795
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	783
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.08	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.835	14.323	811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.826	14.309	809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.168	21.481	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.16	21.483	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.313	14.792	842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.311	14.79	843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.719	21.974	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.715	21.973	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.053	166.444	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.05	166.405	1771

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.201-3.284	0.232	31	0.39	525	X-RAY DIFFRACTION	93.4454
3.284-3.374	0.399	26	0.324	524	X-RAY DIFFRACTION	93.0626
3.374-3.472	0.327	28	0.317	492	X-RAY DIFFRACTION	91.7108
3.472-3.578	0.322	33	0.28	485	X-RAY DIFFRACTION	93.6709
3.578-3.696	0.264	28	0.237	473	X-RAY DIFFRACTION	92.4354
3.696-3.825	0.267	29	0.229	460	X-RAY DIFFRACTION	92.4386
3.825-3.969	0.276	34	0.227	423	X-RAY DIFFRACTION	90.495
3.969-4.131	0.252	18	0.204	438	X-RAY DIFFRACTION	92.6829
4.131-4.315	0.367	22	0.177	398	X-RAY DIFFRACTION	90.3226
4.315-4.525	0.234	16	0.164	398	X-RAY DIFFRACTION	91.796
4.525-4.769	0.165	15	0.136	376	X-RAY DIFFRACTION	90.0922
4.769-5.058	0.18	14	0.148	359	X-RAY DIFFRACTION	89.8795
5.058-5.407	0.24	12	0.174	339	X-RAY DIFFRACTION	89.0863
5.407-5.839	0.269	19	0.212	297	X-RAY DIFFRACTION	88.764
5.839-6.394	0.374	14	0.246	286	X-RAY DIFFRACTION	88.2353
6.394-7.147	0.322	25	0.22	250	X-RAY DIFFRACTION	87.5796
7.147-8.247	0.211	12	0.195	229	X-RAY DIFFRACTION	86.3799
8.247-10.087	0.138	12	0.145	192	X-RAY DIFFRACTION	85
10.087-14.212	0.32	7	0.148	154	X-RAY DIFFRACTION	81.3131
14.212-76.97	0.321	6	0.369	93	X-RAY DIFFRACTION	75

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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