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万見
- PDB-4jvc: Crystal structure of PqsR co-inducer binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jvc
タイトルCrystal structure of PqsR co-inducer binding domain
要素Transcriptional regulator MvfR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / transcription regulation / co-inducer binding / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / : / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / : / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator MvfR / Transcriptional regulator MvfR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ilangovan, A. / Emsley, J. / Williams, P.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for native agonist and synthetic inhibitor recognition by the Pseudomonas aeruginosa quorum sensing regulator PqsR (MvfR).
著者: Ilangovan, A. / Fletcher, M. / Rampioni, G. / Pustelny, C. / Rumbaugh, K. / Heeb, S. / Camara, M. / Truman, A. / Chhabra, S.R. / Emsley, J. / Williams, P.
履歴
登録2013年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5253
ポリマ－24,2881
非ポリマー2362
水543
1
A: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator MvfR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0506
ポリマ－48,5772
非ポリマー4734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.733, 119.733, 115.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator MvfR


分子量: 24288.475 Da / 分子数: 1 / 断片: co-inducer binding domain, UNP RESIDUES 94-309 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: mvfR, PA14_51340, PqsR / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q02IG8, UniProt: A0A0H2Z7A6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.06 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Ammonium acetate, 0.1M Tri sodium citrate pH 6.5, 3% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 19299 / Num. obs: 17339 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 71.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.74 / Rsym value: 0.85 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.5-2.66199.9
2.66-2.78199.8
2.78-2.92199.9
2.92-3.091100
3.09-3.291100
3.29-3.54199.8
3.54-3.841100
3.84-4.251100
4.25-4.821100
4.82-5.7199.8
5.7-7.361100
7.36-12.75199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.5→28.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 11.112 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26711 874 5.1 %RANDOM
Rwork0.2218 ---
obs0.22399 16426 98.91 %-
all-1 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 99.889 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.25 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1598 0 16 3 1617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191642
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.171.9782230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99133628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5175202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.61323.50677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.10415275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3531514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211847
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02381
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.553 69 -
Rwork0.514 1166 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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